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wistariaing

新虫 (初入文坛)

[求助] 文件导出的问题 已有1人参与

我现在要建立的晶格模型中,有一种Zn原子,两种O原子(O1 O2),三种C原子(C1 C2 C3)和几种H原子。在MS中建模完成后,点击各个原子,Name一项中,这些类型都显示正确。但是当我导出car文件后,用msi2lmp转换出的data文件中只有四种原子:Zn O C H。这是为什么呢?请教各位高手解答~
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huachao90

禁虫 (正式写手)


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-12 19:26:09
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2楼2014-03-12 00:10:21
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wistariaing

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-12 00:10:21
很明显问题,进行转换的时候cvff或pcff不支持你设定的原子力场类型的,建议选定力场后,用ms里面力场支持的原子类型进行替换,或者之间换掉原子,后来再在data文件里面进行修改参数即可,我也遇到过可以解决的,但是 ...

您好!我是个新手,没有特别明白,麻烦您能不能说得详细一点?如果是我用msi2lmp转换data文件时候的cvff力场不支持我在MS里设置的力场,那是应该在MS中就先设置为CVFF,然后把data文件中的势函数相关部分删掉?另外,“用ms里面力场支持的原子类型进行替换”,这句话是什么意思呢?
3楼2014-03-12 08:32:57
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wistariaing

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-12 00:10:21
很明显问题,进行转换的时候cvff或pcff不支持你设定的原子力场类型的,建议选定力场后,用ms里面力场支持的原子类型进行替换,或者之间换掉原子,后来再在data文件里面进行修改参数即可,我也遇到过可以解决的,但是 ...

您好!现在我在MS中设置不同的力场,分别转换出data文件,发现COMPASS力场可以识别出两种O原子,C原子始终无法识别,应该怎么办呢?
4楼2014-03-12 09:40:09
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huachao90

禁虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2014-03-12 19:26:16
wistariaing: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-03-13 23:34:24
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5楼2014-03-12 18:27:37
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moirakaola

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-12 00:10:21
很明显问题,进行转换的时候cvff或pcff不支持你设定的原子力场类型的,建议选定力场后,用ms里面力场支持的原子类型进行替换,或者之间换掉原子,后来再在data文件里面进行修改参数即可,我也遇到过可以解决的,但是 ...

你好,有一点我不明白,这个coeff是lammps在生成data时候计算的吗?
6楼2014-10-23 16:25:05
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guozhijing

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-12 18:27:37
建议换置换原子进行操作,选择nocalculate forcefield和charge use current,然后自己modify-edit 自己修改原子类型或者是charge,在data文件里面直接修改Masses就是修改原子了,希望对你有帮助!

您好  我想请教你一问题,我是用msi2lmp转data时,出现Get force field parameters for this system Unable to find bondbond data for cp c2 cp ,请问这个问题该如何解决呢
人生最精彩的不是实现梦想的瞬间,而是坚持梦想的过程
7楼2016-10-11 08:41:12
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guozhijing

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by moirakaola at 2014-10-23 16:25:05
你好,有一点我不明白,这个coeff是lammps在生成data时候计算的吗?...

我用的是pcff力场,用msi2lmp转data时出现Get force field parameters for this system Unable to find bondbond data for cp c2 cp ,请问这个问题该如何解决呢
人生最精彩的不是实现梦想的瞬间,而是坚持梦想的过程
8楼2016-10-11 08:43:54
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