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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 文件导出的问题
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wistariaing

新虫 (初入文坛)

[求助] 文件导出的问题 已有1人参与

我现在要建立的晶格模型中，有一种Zn原子，两种O原子（O1 O2），三种C原子（C1 C2 C3）和几种H原子。在MS中建模完成后，点击各个原子，Name一项中，这些类型都显示正确。但是当我导出car文件后，用msi2lmp转换出的data文件中只有四种原子：Zn O C H。这是为什么呢？请教各位高手解答~
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1楼 2014-03-11 10:43:45
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huachao90

禁虫 (正式写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-12 19:26:09
本帖内容被屏蔽
2楼2014-03-12 00:10:21
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wistariaing

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-12 00:10:21
很明显问题，进行转换的时候cvff或pcff不支持你设定的原子力场类型的，建议选定力场后，用ms里面力场支持的原子类型进行替换，或者之间换掉原子，后来再在data文件里面进行修改参数即可，我也遇到过可以解决的，但是 ...

您好！我是个新手，没有特别明白，麻烦您能不能说得详细一点？如果是我用msi2lmp转换data文件时候的cvff力场不支持我在MS里设置的力场，那是应该在MS中就先设置为CVFF，然后把data文件中的势函数相关部分删掉？另外，“用ms里面力场支持的原子类型进行替换”，这句话是什么意思呢？
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3楼2014-03-12 08:32:57
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wistariaing

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-12 00:10:21
很明显问题，进行转换的时候cvff或pcff不支持你设定的原子力场类型的，建议选定力场后，用ms里面力场支持的原子类型进行替换，或者之间换掉原子，后来再在data文件里面进行修改参数即可，我也遇到过可以解决的，但是 ...

您好！现在我在MS中设置不同的力场，分别转换出data文件，发现COMPASS力场可以识别出两种O原子，C原子始终无法识别，应该怎么办呢？
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4楼2014-03-12 09:40:09
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huachao90

禁虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-03-12 19:26:16
wistariaing: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-03-13 23:34:24
本帖内容被屏蔽
5楼2014-03-12 18:27:37
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moirakaola

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-12 00:10:21
很明显问题，进行转换的时候cvff或pcff不支持你设定的原子力场类型的，建议选定力场后，用ms里面力场支持的原子类型进行替换，或者之间换掉原子，后来再在data文件里面进行修改参数即可，我也遇到过可以解决的，但是 ...

你好，有一点我不明白，这个coeff是lammps在生成data时候计算的吗？
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6楼2014-10-23 16:25:05
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guozhijing

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-12 18:27:37
建议换置换原子进行操作，选择nocalculate forcefield和charge use current，然后自己modify-edit 自己修改原子类型或者是charge，在data文件里面直接修改Masses就是修改原子了，希望对你有帮助！

您好  我想请教你一问题，我是用msi2lmp转data时，出现Get force field parameters for this system Unable to find bondbond data for cp c2 cp ，请问这个问题该如何解决呢
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人生最精彩的不是实现梦想的瞬间，而是坚持梦想的过程
7楼2016-10-11 08:41:12
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guozhijing

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by moirakaola at 2014-10-23 16:25:05
你好，有一点我不明白，这个coeff是lammps在生成data时候计算的吗？...

我用的是pcff力场，用msi2lmp转data时出现Get force field parameters for this system Unable to find bondbond data for cp c2 cp ，请问这个问题该如何解决呢
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人生最精彩的不是实现梦想的瞬间，而是坚持梦想的过程
8楼2016-10-11 08:43:54
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