24小时热门版块排行榜    

查看: 2267  |  回复: 16

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

[求助] dump出文件显示问题

我的体系一个fcc排列的ar原子,用dump输出的lammpstrj格式的文件,是多帧的,而且ID是打乱的,求了cna,后面带着这个值,想在vmd里面显示出不同cna值得颜色,所有帧都显示,然后做成动画,不知道有什么合适的方法吗?

[ Last edited by zhang_jaj on 2012-12-17 at 20:25 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-18 15:43:22
可以在VMD里设置,如分子标识等。。 VMD可以完成你要的一切。。
2楼2012-12-18 08:57:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyujia

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-18 21:57:48
zhang_jaj: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 算然不是vmd,但是目的达到了,谢谢 2012-12-20 19:01:54
我建议你用Atomeye,牛人李巨写的,非常好用,可以做出非常漂亮的图,也可以做成动画。
4楼2012-12-18 16:49:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2012-12-18 08:57:04
可以在VMD里设置,如分子标识等。。 VMD可以完成你要的一切。。

顶楼上

搞MD,真应该好好学习一下VMD 的使用。
3楼2012-12-18 15:44:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2012-12-18 08:57:04
可以在VMD里设置,如分子标识等。。 VMD可以完成你要的一切。。

能说的详细点吗,非常感谢!看其他地方的有人是写个脚本实现,但是说对于多核输出的不能每帧都显示。我就是想显示lammps输出的c_cna的值
5楼2012-12-18 21:03:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-18 15:44:00
顶楼上

搞MD,真应该好好学习一下VMD 的使用。...

谢谢,最近一直在看,但是总会看漏信息,不知道这个能怎么实现,显示lammps的compute输出的值?
6楼2012-12-18 21:04:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wangyujia at 2012-12-18 16:49:09
我建议你用Atomeye,牛人李巨写的,非常好用,可以做出非常漂亮的图,也可以做成动画。

非常感谢!不敢再搞太多软件了,精力有限啊。。。
7楼2012-12-18 21:05:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyujia

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-12-18 21:05:08
非常感谢!不敢再搞太多软件了,精力有限啊。。。...

正如你所了解的,vmd要写脚本,很麻烦。我以前也用过vmd,后来放弃了。
8楼2012-12-19 08:26:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by wangyujia at 2012-12-19 08:26:37
正如你所了解的,vmd要写脚本,很麻烦。我以前也用过vmd,后来放弃了。...

谢谢,我主要关注的是它能不能实现我用lammps输出文件里关于后面compute计算得到的值得显示;对于是否动画倒没那么一定需要,谢谢啦
9楼2012-12-19 15:03:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyujia

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-12-19 15:03:39
谢谢,我主要关注的是它能不能实现我用lammps输出文件里关于后面compute计算得到的值得显示;对于是否动画倒没那么一定需要,谢谢啦...

atomeye正好是做图片功能强,做动画的话还比较麻烦,需要自己用其它的软件把N张图连起来。呵呵!
10楼2012-12-19 15:15:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhang_jaj 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +15 爱看书的可乐 2026-08-26 17/850 2026-08-27 17:25 by xxniao123
[基金申请] 基金不中,共勉 +10 eulota 2026-08-26 10/500 2026-08-27 17:23 by lqllinqiaoli
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+5) +10 晴天加油 2026-08-26 11/550 2026-08-27 16:35 by msuhlx
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +7 Kittylucky 2026-08-27 7/350 2026-08-27 16:31 by msuhlx
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +6 苏东坡二世 2026-08-23 6/300 2026-08-27 13:57 by zhangjianl
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 17/850 2026-08-27 08:20 by 大萍1987
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 04:33 by Ie9AyIAvGbvs
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 02:01 by Ie9AyIAvGbvs
[基金申请] 系统查不到 +10 董八千 2026-08-26 10/500 2026-08-26 16:30 by Equinoxhua
[基金申请] 怎么查啊 +5 huang1991js 2026-08-26 5/250 2026-08-26 16:09 by Equinoxhua
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +4 yuleib84 2026-08-26 5/250 2026-08-26 13:40 by yuleib84
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
请填处理意见