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blueybz

木虫 (正式写手)

[求助] dump文件如何分割

求助,如何将1个dump文件,分割成按照输出顺序单独的文件呢?比如有个1000个轨迹的dump文件,如何将这个dump分成从第一个轨迹开始,每个轨迹输出一个文件,一共1000个坐标文件呢?
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-10-30 15:38:55
blueybz: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-10-30 22:53:48
把轨迹载入VMD,然后输入以下命令:
for {set k 1 } {$k<=1000} {incr k} {
    animate goto $k
    set all [atomselect top all]
    $all writepdb frame_$k.pdb  
}

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-10-30 at 14:13 ]

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-10-30 14:04:53
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blueybz

木虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-10-30 14:04:53
把轨迹载入VMD,然后输入以下命令:
for {set k 1 } {$k<=1000} {incr k} {
    animate goto $k
    set all
    $all writepdb frame_$k.pdb  
}
...

谢谢版主,可以分割了。还有个问题,我原来的dump文件是.xyz格式的,现在输出的是.pdb格式的,文件里面格式不一样,能不能输出和原来的.xyz的格式一样的呢?
3楼2012-10-30 22:53:36
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by blueybz at 2012-10-30 22:53:36
谢谢版主,可以分割了。还有个问题,我原来的dump文件是.xyz格式的,现在输出的是.pdb格式的,文件里面格式不一样,能不能输出和原来的.xyz的格式一样的呢?...

可以,你可以参照xyz格式,修改脚本的输出格式
4楼2012-10-31 00:42:41
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肖钧江

铜虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-18 16:56:08
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-10-30 14:04:53
把轨迹载入VMD,然后输入以下命令:
for {set k 1 } {$k<=1000} {incr k} {
    animate goto $k
    set all
    $all writepdb frame_$k.pdb  
}
...

问下哈,dump命令可以从特定步数输出么。例如总共算了20w步,前面10w步我不需要,只要10w步到20w步的,可以实现这个功能么
5楼2014-02-18 11:32:39
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