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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » dump出文件显示问题
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

[求助] dump出文件显示问题

我的体系一个fcc排列的ar原子，用dump输出的lammpstrj格式的文件，是多帧的，而且ID是打乱的，求了cna，后面带着这个值，想在vmd里面显示出不同cna值得颜色，所有帧都显示，然后做成动画，不知道有什么合适的方法吗？

[ Last edited by zhang_jaj on 2012-12-17 at 20:25 ]
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1楼 2012-12-17 20:06:35
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-18 15:43:22
可以在VMD里设置，如分子标识等。。 VMD可以完成你要的一切。。
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2楼2012-12-18 08:57:04
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wangyujia

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-18 21:57:48
zhang_jaj: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 算然不是vmd，但是目的达到了，谢谢 2012-12-20 19:01:54
我建议你用Atomeye，牛人李巨写的，非常好用，可以做出非常漂亮的图，也可以做成动画。
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4楼2012-12-18 16:49:09
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普通回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2012-12-18 08:57:04
可以在VMD里设置，如分子标识等。。 VMD可以完成你要的一切。。

顶楼上

搞MD，真应该好好学习一下VMD 的使用。
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3楼2012-12-18 15:44:00
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2012-12-18 08:57:04
可以在VMD里设置，如分子标识等。。 VMD可以完成你要的一切。。

能说的详细点吗，非常感谢！看其他地方的有人是写个脚本实现，但是说对于多核输出的不能每帧都显示。我就是想显示lammps输出的c_cna的值
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5楼2012-12-18 21:03:18
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-18 15:44:00
顶楼上

搞MD，真应该好好学习一下VMD 的使用。...

谢谢，最近一直在看，但是总会看漏信息，不知道这个能怎么实现，显示lammps的compute输出的值？
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6楼2012-12-18 21:04:33
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wangyujia at 2012-12-18 16:49:09
我建议你用Atomeye，牛人李巨写的，非常好用，可以做出非常漂亮的图，也可以做成动画。

非常感谢！不敢再搞太多软件了，精力有限啊。。。
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7楼2012-12-18 21:05:08
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wangyujia

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-12-18 21:05:08
非常感谢！不敢再搞太多软件了，精力有限啊。。。...

正如你所了解的，vmd要写脚本，很麻烦。我以前也用过vmd，后来放弃了。
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8楼2012-12-19 08:26:37
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wangyujia at 2012-12-19 08:26:37
正如你所了解的，vmd要写脚本，很麻烦。我以前也用过vmd，后来放弃了。...

谢谢，我主要关注的是它能不能实现我用lammps输出文件里关于后面compute计算得到的值得显示；对于是否动画倒没那么一定需要，谢谢啦
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9楼2012-12-19 15:03:39
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wangyujia

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-12-19 15:03:39
谢谢，我主要关注的是它能不能实现我用lammps输出文件里关于后面compute计算得到的值得显示；对于是否动画倒没那么一定需要，谢谢啦...

atomeye正好是做图片功能强，做动画的话还比较麻烦，需要自己用其它的软件把N张图连起来。呵呵！
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10楼2012-12-19 15:15:35
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