24小时热门版块排行榜    

查看: 1820  |  回复: 16
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

[求助] dump出文件显示问题

我的体系一个fcc排列的ar原子,用dump输出的lammpstrj格式的文件,是多帧的,而且ID是打乱的,求了cna,后面带着这个值,想在vmd里面显示出不同cna值得颜色,所有帧都显示,然后做成动画,不知道有什么合适的方法吗?

[ Last edited by zhang_jaj on 2012-12-17 at 20:25 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2012-12-18 08:57:04
可以在VMD里设置,如分子标识等。。 VMD可以完成你要的一切。。

能说的详细点吗,非常感谢!看其他地方的有人是写个脚本实现,但是说对于多核输出的不能每帧都显示。我就是想显示lammps输出的c_cna的值
5楼2012-12-18 21:03:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-18 15:44:00
顶楼上

搞MD,真应该好好学习一下VMD 的使用。...

谢谢,最近一直在看,但是总会看漏信息,不知道这个能怎么实现,显示lammps的compute输出的值?
6楼2012-12-18 21:04:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wangyujia at 2012-12-18 16:49:09
我建议你用Atomeye,牛人李巨写的,非常好用,可以做出非常漂亮的图,也可以做成动画。

非常感谢!不敢再搞太多软件了,精力有限啊。。。
7楼2012-12-18 21:05:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by wangyujia at 2012-12-19 08:26:37
正如你所了解的,vmd要写脚本,很麻烦。我以前也用过vmd,后来放弃了。...

谢谢,我主要关注的是它能不能实现我用lammps输出文件里关于后面compute计算得到的值得显示;对于是否动画倒没那么一定需要,谢谢啦
9楼2012-12-19 15:03:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

引用回帖:
10楼: Originally posted by wangyujia at 2012-12-19 15:15:35
atomeye正好是做图片功能强,做动画的话还比较麻烦,需要自己用其它的软件把N张图连起来。呵呵!...

谢谢,我是想知道能不能把lammps里面用compute算的比如cna/atom不同的值以不同的颜色显示出来?
11楼2012-12-19 21:03:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

引用回帖:
14楼: Originally posted by wangyujia at 2012-12-20 15:17:07
这个还是自己去看说明书吧!
我可以告诉你看“Auxiliary Property Coloring”这一节。...

非常感谢,我问那么多知识想确定能实现这个功能,然后才会去学它。,已经实现出来了
15楼2012-12-20 19:01:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

引用回帖:
16楼: Originally posted by yuanxm at 2012-12-21 20:23:08
你好,不好意思,我是新手,没能找到你说的这一节,能给我个链接或具体说明下吗?...

http://li.mit.edu/Archive/Graphics/A/
这是atomeye的mannul,在里面找。很容易实现
17楼2012-12-22 07:37:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhang_jaj 的主题更新
信息提示
请填处理意见