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Insecta_A

铜虫 (小有名气)

[求助] 引物二聚体是否影响SSR后续实验 已有4人参与

我的SSR-PCR跑出来的产物,有很明显的引物二聚体,有时比目的条带还要亮,请问SSR后续实验对引物二聚体要求严格吗?
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Insecta_A

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by duanepp at 2014-08-27 10:20:24
上图最好,还有如果你ssr的片段不是很小的话就没有大的影响。不过最好还是摸索出最适条件

我的片段在100bp—200bp这个段,今天我通过touchdown pcr已经把引物二聚体的问题解决了,几乎看不到引物二聚体的带了
6楼2014-08-27 14:00:36
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普通回帖

bwangel

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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Insecta_A: 金币+2, 有帮助 2014-08-27 08:21:19
给个图,看看程度,不过比目标重很多总不太好了,有加高点温度不
2楼2014-08-26 23:13:59
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Insecta_A

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by bwangel at 2014-08-26 23:13:59
给个图,看看程度,不过比目标重很多总不太好了,有加高点温度不

我正准备做个Touchdown PCR试试,温度升高过,但是得率太低了,所以就又降了点哦
3楼2014-08-27 08:22:13
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duanepp

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
Insecta_A: 金币+1, 有帮助 2014-08-27 14:00:44
上图最好,还有如果你ssr的片段不是很小的话就没有大的影响。不过最好还是摸索出最适条件
4楼2014-08-27 10:20:24
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biolinker

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
Insecta_A: 金币+1, 有帮助 2014-08-27 14:00:52
同意楼上的说法,如果你的片段比较大的话,影响应该不大,引物二聚片段比较小,一般会跑在最前面。
5楼2014-08-27 10:48:00
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duanepp

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by Insecta_A at 2014-08-27 14:00:36
我的片段在100bp—200bp这个段,今天我通过touchdown pcr已经把引物二聚体的问题解决了,几乎看不到引物二聚体的带了...

二聚体多的话可以适当的减少引物的量,提高一下退火温度等操作减少。微卫星的pcr只要条件合适一般情况之下是很顺利的。你是做什么虫子的?
7楼2014-08-31 09:10:54
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Insecta_A

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by duanepp at 2014-08-31 09:10:54
二聚体多的话可以适当的减少引物的量,提高一下退火温度等操作减少。微卫星的pcr只要条件合适一般情况之下是很顺利的。你是做什么虫子的?...

我做的是双重PCR,单独跑的时候引物二聚体较少,我一直在优化,还是除不掉,所以我就想如果不影响后面的毛细管电泳的话,我就不打算再优化这个了
8楼2014-08-31 15:10:40
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duanepp

木虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by Insecta_A at 2014-08-31 15:10:40
我做的是双重PCR,单独跑的时候引物二聚体较少,我一直在优化,还是除不掉,所以我就想如果不影响后面的毛细管电泳的话,我就不打算再优化这个了...

三条引物?M13?
9楼2014-09-01 09:27:22
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Insecta_A

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by duanepp at 2014-09-01 09:27:22
三条引物?M13?...

两对引物,SSR引物
10楼2014-09-01 10:42:15
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