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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 引物二聚体是否影响SSR后续实验
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Insecta_A

铜虫 (小有名气)

[求助] 引物二聚体是否影响SSR后续实验 已有4人参与

我的SSR-PCR跑出来的产物，有很明显的引物二聚体，有时比目的条带还要亮，请问SSR后续实验对引物二聚体要求严格吗？
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1楼 2014-08-26 22:16:21
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

Insecta_A

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by duanepp at 2014-08-27 10:20:24
上图最好，还有如果你ssr的片段不是很小的话就没有大的影响。不过最好还是摸索出最适条件

我的片段在100bp—200bp这个段，今天我通过touchdown pcr已经把引物二聚体的问题解决了，几乎看不到引物二聚体的带了
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6楼2014-08-27 14:00:36
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bwangel

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Insecta_A: 金币+2, ★有帮助 2014-08-27 08:21:19
给个图，看看程度，不过比目标重很多总不太好了，有加高点温度不
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2楼2014-08-26 23:13:59
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Insecta_A

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by bwangel at 2014-08-26 23:13:59
给个图，看看程度，不过比目标重很多总不太好了，有加高点温度不

我正准备做个Touchdown PCR试试，温度升高过，但是得率太低了，所以就又降了点哦
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3楼2014-08-27 08:22:13
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duanepp

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
Insecta_A: 金币+1, ★有帮助 2014-08-27 14:00:44
上图最好，还有如果你ssr的片段不是很小的话就没有大的影响。不过最好还是摸索出最适条件
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4楼2014-08-27 10:20:24
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biolinker

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
Insecta_A: 金币+1, ★有帮助 2014-08-27 14:00:52
同意楼上的说法，如果你的片段比较大的话，影响应该不大，引物二聚片段比较小，一般会跑在最前面。
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5楼2014-08-27 10:48:00
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duanepp

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Insecta_A at 2014-08-27 14:00:36
我的片段在100bp—200bp这个段，今天我通过touchdown pcr已经把引物二聚体的问题解决了，几乎看不到引物二聚体的带了...

二聚体多的话可以适当的减少引物的量，提高一下退火温度等操作减少。微卫星的pcr只要条件合适一般情况之下是很顺利的。你是做什么虫子的？
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7楼2014-08-31 09:10:54
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Insecta_A

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by duanepp at 2014-08-31 09:10:54
二聚体多的话可以适当的减少引物的量，提高一下退火温度等操作减少。微卫星的pcr只要条件合适一般情况之下是很顺利的。你是做什么虫子的？...

我做的是双重PCR，单独跑的时候引物二聚体较少，我一直在优化，还是除不掉，所以我就想如果不影响后面的毛细管电泳的话，我就不打算再优化这个了
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8楼2014-08-31 15:10:40
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duanepp

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by Insecta_A at 2014-08-31 15:10:40
我做的是双重PCR，单独跑的时候引物二聚体较少，我一直在优化，还是除不掉，所以我就想如果不影响后面的毛细管电泳的话，我就不打算再优化这个了...

三条引物？M13?
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9楼2014-09-01 09:27:22
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Insecta_A

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by duanepp at 2014-09-01 09:27:22
三条引物？M13?...

两对引物,SSR引物
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10楼2014-09-01 10:42:15
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