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wangtailin

银虫 (小有名气)

[求助] 奇怪测序结果 已有2人参与

同一基因，同一引物，匹出两条带，放入pEASY 载体，筛选阳性后送测序，结果为啥差异这么大呢，求大师解答？

奇怪测序结果
测序比对.png
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学习着提升自己
1楼 2014-07-26 16:00:55
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wangtailin

银虫 (小有名气)
应该是完全比对的上啊，测序应该不出错，很奇怪的问题，后面一部分也是对不上，咋回事呢？
奇怪测序结果-1
比对.png
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学习着提升自己
2楼2014-07-26 17:09:15
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-07-26 19:18:04
你用于比对的这两条序列是啥~？你不是根据已知基因设计引物扩增出来大小不同的两条序列吗？那这两条序列和你的已知基因序列的比对结果如何，你上面的应该是你两条测序结果间的比对吧，关键看和已知基因的比对结果。你做个多序列比对看看。
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大家相互帮助哈
3楼2014-07-26 17:18:52
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wangtailin

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by luwei13566 at 2014-07-26 17:18:52
你用于比对的这两条序列是啥~？你不是根据已知基因设计引物扩增出来大小不同的两条序列吗？那这两条序列和你的已知基因序列的比对结果如何，你上面的应该是你两条测序结果间的比对吧，关键看和已知基因的比对结果。 ...

我做的是RACE，和已知比对只有一条和原来的比对成功，另一条不行，比对不上；但是两条测序结果却又很大的重复！
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学习着提升自己
4楼2014-07-26 21:05:12
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
wangtailin: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-07-27 21:23:48
引用回帖:
4楼: Originally posted by wangtailin at 2014-07-26 21:05:12
我做的是RACE，和已知比对只有一条和原来的比对成功，另一条不行，比对不上；但是两条测序结果却又很大的重复！...

你的意思是用你的这个软件来比对，一条片段测序结果和目的基因是一致的，另一条片段和已知片段比较相似度很低，但是把两条测序序列放一块又有不少重复序列对吧~？建议你用NCBI的blast再两两比对或者直接来个多重比对试一下。我估计你的第二个比对的比对方法不对。
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大家相互帮助哈
5楼2014-07-26 21:52:13
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wangtailin

银虫 (小有名气)
内容已删除
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  • 附件 1 : 847-5R.fas
    • 2014-07-27 10:14:25, 3.08 K
学习着提升自己
6楼2014-07-27 10:14:44
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wangtailin

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by luwei13566 at 2014-07-26 21:52:13
你的意思是用你的这个软件来比对，一条片段测序结果和目的基因是一致的，另一条片段和已知片段比较相似度很低，但是把两条测序序列放一块又有不少重复序列对吧~？建议你用NCBI的blast再两两比对或者直接来个多重比 ...

>847-5cexu
GCGGTACTCTATAGGGCGATTGAGCTGCCCTTAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGGACAGACGTCGAACTCTC
ACTGGACTGCAAGCCATTCAGTTCACCCGGCCTGACTAGCGAGCAGCGAGCTGTGATTGTCCCGACCGCTTCATTGTACT
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GACCATGGAGACGGGCCAGCTCGCGGCCGAGAGGGCGCTGAGCGACTGGGGCGGCGACCGCGACGACATCACGCATCTCA
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AAGCACTTCAGCGTTTCGCTCCTGGGCTGCCACGGCGGCGTGAACGGGATCCGGACCGCGGCGGAGATCGCCCAGGCCGA
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GCCGGAAGCATAAAGTGGTAAAGGCCTGGGGGTGCCTATGGAGTGGAGCTAACTCAACATTAATTGGCGTTGCGGCTCAC
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>847-5cexu
AACGCCAACTATATAGGGCGATTGAGCTGCCCTTAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGGACAGACGTCGAACTC
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ACGGGATCGGACCGCGTGCGAAATCGCAGCGACCACCACAGCAACGGTCTGCGTGTTCGTGGAGAATCAATCATGGCGTC
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>847-5yizhi
ACGGCGGGTGAACGGGATCCGGACCGCGGCGGAGGATCGCCAGGCCGACCCCAACAACCGGGTCCTGGCGGTGTTCGTGGAGATCAATTCCGTGGCGGCCCAGACCCTGAACCCAGCGAATCCGTCTGCGGACTTGAGCCCGTTTCTAGTCAACATGTTATTTGGGGATGGATCGGGCGCCGTGGTGGTAGGCAAGCACCCCACGAAGAAGGAGACCAGCATCCTTGAGGTCCACCGGTCGCAGACATACCTGATTCCGGACTCCAGCACGAGCATCGGCGCCATCTTGCTGGAATCCGGGATGCACACCACTCTGGAGAAGAATGTGCCTCTGCATGTGGCGCAACATGTGGGCGGCTTCGTCACGGAGCTTCTGCACAACACCAAGCTCAGCTTCGCCAACGTCAACTGGGCTTGCCATCCCGGAGGCAAGGGCATCCTCGACGCTGTCGAGAAGAGTTGCAAGCTCAAACCTGAGCAGCTCCAATCGTCCAGACACATTTTGGGTAACTATGGGAACATGGGGGCCACGACTGTATTGTTTGTGCTTGACAAGTTACGCCGTGATAAGAAAGTGGATTCTACCATCCACCCTTGGACAACGGCTCTGTCATTTGGGCCCGGGATCACCGTGGAGGGGCTGCTC
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7楼2014-07-27 10:15:31
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forrestgump

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wangtailin: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-07-27 21:22:39
可能是可变剪切体，也有可能是有碱基缺失或插入致使的，能上传您的测序峰图文件吗？这样我就可以断定了。
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8楼2014-07-27 20:09:50
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luwei13566

木虫 (正式写手)
1.你的前两个测序结果没有去除载体序列吧，你载体上连了多大的片段？
2.第三段序列是你的目的序列吗？
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9楼2014-07-27 20:21:52
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wangtailin

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by forrestgump at 2014-07-27 20:09:50
可能是可变剪切体，也有可能是有碱基缺失或插入致使的，能上传您的测序峰图文件吗？这样我就可以断定了。

听候学长讲解，
下面是已知的，用的是pfu酶，为啥有如此差异呢，不懂啊
>847-5yizhi
ACGGCGGGTGAACGGGATCCGGACCGCGGCGGAGGATCGCCAGGCCGACCCCAACAACCGGGTCCTGGCGGTGTTCGTGGAGATCAATTCCGTGGCGGCCCAGACCCTGAACCCAGCGAATCCGTCTGCGGACTTGAGCCCGTTTCTAGTCAACATGTTATTTGGGGATGGATCGGGCGCCGTGGTGGTAGGCAAGCACCCCACGAAGAAGGAGACCAGCATCCTTGAGGTCCACCGGTCGCAGACATACCTGATTCCGGACTCCAGCACGAGCATCGGCGCCATCTTGCTGGAATCCGGGATGCACACCACTCTGGAGAAGAATGTGCCTCTGCATGTGGCGCAACATGTGGGCGGCTTCGTCACGGAGCTTCTGCACAACACCAAGCTCAGCTTCGCCAACGTCAACTGGGCTTGCCATCCCGGAGGCAAGGGCATCCTCGACGCTGTCGAGAAGAGTTGCAAGCTCAAACCTGAGCAGCTCCAATCGTCCAGACACATTTTGGGTAACTATGGGAACATGGGGGCCACGACTGTATTGTTTGTGCTTGACAAGTTACGCCGTGATAAGAAAGTGGATTCTACCATCCACCCTTGGACAACGGCTCTGTCATTTGGGCCCGGGATCACCGTGGAGGGGCTGCTC
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  • 附件 1 : 84759-5R测序结果.zip
    • 2014-07-27 21:12:06, 373.82 K
学习着提升自己
10楼2014-07-27 21:15:29
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