| 查看: 1649 | 回复: 0 | |||
[求助]
引物的改特异性不好，请教该怎么修改？急急急！！！！！！！！！！！！！
|
|
我现在做的是孺孢类的病害检测，老师给了我ITS ACT GPD EF CAL 的基因片段序列，然后我用MEGA软件比对找出特异性序列，我将这几个片段的平脐蠕孢的序列的进行了比对，发现ITS ACT GPD CAL的差异位点要么不集中，要么差异很小，在EF上找到了玉米小斑（maydis），玉米圆斑(zecola)，高粱叶斑(sorghicola)上有一些特异性片段！然和我就根据这些片段进行了引物设计，目前我的引物能把目的基因的扩增出来，我刚做的时候可能菌株量较少，特异性还可以，但是我加大菌株量，特异性就不好了！我的对照菌株不定，每个菌株都可以作为对照菌株，因为要进行多重比对，不过我主要做的玉米，小麦和高粱上的孺孢的快速检测！ 这是一些菌的EF基因：>ZM10587-2 [organism=Bipolaris zeicola] TCATCGAGAAGTTCGAGAAGGTATGCTATGACTTTTCTTTCACCGGCAGTCCTGCCACTGCCCATTGCAACTTCTGAGCGCGCGGCCATTTTCGGGCTTATCGCAATGAGGGGCATTTTTTGGGTGGTGGGGTTGTGCGAACTTTTACGCGCTAGCGCTAGTCTGGATGCGGCCTTtGCGAACCGCAACACCATGACGCACACTCAATTTTACCTGACGCTGACAACTCTCATAGGAAGCCGCCGAACTCGGTAAGGGTTCCTTCAAGTA >ZM09327-2 [organism=Bipolaris maydis] TATGCCTTGACTTTTCTTTCACCAAACCCCCACCACTGTCCATTACAACTTCTGAGCGCGCGCCCATTTTCGGGCTTATCGCAATGAGGGGCATTTTTGGGTGGTGGGGTTGTGCGAACTTTTACGCGCTAGCGCTAGTCTGGATGCGGCCTTCGCGAACCGCAACACTATGACGCACATGCAATTTCCCACCACCACCACCACCACCACCAACTTCAACGACATCAAGGTCATCCTTGGACATTTAGTCTTTGCGCTTGATAGTCTCTACCTACTAATTGACTGCGCAATGCTGACAAGCCTCACAGGAAGCCGCCGAACTC >ZM10321 [organism=Bipolaris sorghicola] TATGCTATGACTTTTCTTTCACCCGCAGCCTTGCCACTGCCCATTGCAACTTCTGAGCGCGCGGCCATTTTCGGGCTTATCGCAATGAGGGGCATTTTTTGGGTGGTGGGGTTGTGCGAACTTTTACGCGCTAGCGCTAGTCTGGATGCGGCTTTCGCGAACCGCAACACTATGACGCACATGCAATTTCCCACTTTTGGCTGCACGATGCTGACAAGCCTCACAGGAAGCCGCCGAACTC >ZMLC025-2 [organism=Bipolaris sorokiniana] TATGCCATAAATTTTCTTTCACCTGCAGTCCCGCCACTGCCCGTTGCAACTTTTGAGCGCGCGGCCATTTTCGGGCTTATCGCAATGAGGGGCATTTTTTGGGTGGTGGGGTTGTGCGAACTTTTACGCGCTAGCGCTAGTCTGGATGCGGCCTTCGCGAGCCGCAACACCATGACGCACATACAGTTCCCCACCAACTTCCACGACATCAAGGTCACGCTTGGGCATTTAGTCTCTAAGCTTGATAGTCTCTATTTTTTGATTGCACGATGCTGACAAGCCTCATAGGAAGCCGCCGAACTCGGTAAGGGCCCCTTCAAGTAA >DH02699 [organism=Bipolaris zeae] TATGCCATGACTTTTCTTTCACCGGCAGTCCCGCCACTGCCCATTGCAACTTCTAAGCGCGCGGCCATTTTCGGGCTTATCGCAATGAGGGGCATTTTTTGCGTGGTGGGGTTGTGCGAACTTTTACGCGCTAGCGCTAGTCTGGATGCGGCCTTCGCGAACCGCAACACCATGACGCACATCCAATTCCCCCACCAACTTCCACGACATCAAGGTCACGCTTGGACAGTTTGTCTTTAAGCTT >ZM09313-2-1 [organism=Bipolaris setariae] TATGCCATGACTTTTCTTTCACCTACACCCCCGTCACTGTCCATTGCAACTTCTGAGCGCGCGGCCATTTTCGGGCTTATCGCAATGAGGGGCATTTTTTGGGTGGTGGGGTTGTGCGAACTTTTACGCGCTAGCGCTAGTCTGGATGCGGCTTTCGCGAACCGCAACACTATGACGCACATACAATTTCCCACCACCACCACCACCAACTTCAACGACATCAAGGTCATGCTTGGACGTTTAGTCTTTGCGCTT >ZM10237-2 [organism=Bipolaris sacchari] TATGCCATGACGTTTCTTTCACCAAACCCCCGCCACTGCCCATTACAACTTCTGAGCGCGCGGCCATTTTCGGGCTTATCGCAATGAGGGGCATTTTTTGGGTGGTGGGGTTGTGCGGACTTTTACGCGCTAGCGCTAGTCTGGATGCGGCCTTCGCGAACCGCAACACTATGACGCACATGCAATTTCCCACCACCACCACCACCACCACCACCACCAACTTCAACGACATCAAGGTCATGCTTGGACATTTAGTCTTTGCGCTT >ZM10239-1 [organism=Bipolaris peregianensis] TATGCTATGACTTTTCTTTCACCCGCAGTCCCGCCACTGCCCATTGCAACTTCTGAGCCCACGGCCATTTTCGGGCTTATCGCAATGAGGGGCATTTTTTGTATGGTGGGGTTGTGCGAACTTTTACGCGCTAGCGCTAGTCCGGATGCGGCCTTCGCGAACCCCAACACCATGACGCACATACAATTCCCCACCAACGTCCACGACATCAAGGTCACTCTTGGACATTTAGTCTTTGACCTTGATAGTACCTTATCTTTAGCTACACGATGCTGACAAGTCTCACAGGAAGCCGCCGAACTC >ZM10322-5 [organism=Bipolaris bicolor] TATGCTATGACTTTTCTTTCATCGGCAGTCCCGACACTGCCCATTGCAACTTCTGAGCGCGCGGCCATTTTCGGGCTTATCGCAATGAGGGGCATTTTTTGGGTGGTGGGGTTGTGCGAACTTTTACGCGCTAGCGCTAGTCTGGATGCGGCTTTCGCGAACCGCAACACCATGACGCACATACAATTCCCCCACCAACCTCCCACAACATCAAGGTCACGCTTGGACAGTTTGTCTTTAAGCTTGGCAGTCTCTTTTCTTTAGCTACACGATGCTGACAAGCCTCATAGGAAGCCGCCGAACTC 我利用MEGA6将上述序列进行比对i，找到了maydis zeicola sorhicola 的特异序列，然后将这些特异性序列利用Pp5和OLIGO7i进行了设计和验证！下面是我比对的结果和相应的引物！ .1.Zecola EF基因的特异性引物 Forward Primer: NewSequence:37F23 5' TATGAGAGTTGTCAGCGTCAGGT 3' Reverse Primer: NewSequence:221R21 5' GACTTTTCTTTCACCGGCAGT 3' [Score: 825; Product Length: 205; Opt. T a : 57.7; %GC: 53.7] 2.Sorghicola EF基因的特异性引物 Sequence: NewSequence (Sense primer) 5' GGCTTGTCAGCATCGTGC 3' (Anti-sense primer) 5' GGCTTATCGCAATGAGGG 3' 3.Maydis EF基因的特异性引物 Sequence: NewSequence CCACCACCACCACCAACT 3' (Anti-sense primer) 5' GGCTTCCTGTGAGGCTTG 3' 我利用自己设计的引物进行了验证，发现自己设计的引物的特异性不好，很多菌都扩出条带了，求高人帮忙修改下我的引物，谢了！  ZNZAJ0S)]XQC7IK(YV6R5X0.jpg   Image16.jpg |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 工作 |
» 猜你喜欢
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
湖北师范大学招调剂啦
已经有9人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有272人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
-
天津商业大学 生物与医药课题组招生
已经有0人回复
-
生物化工学硕招收调剂
已经有0人回复
-
广东石油化工学院2026年硕士研究生需要多名生物，制药工程，食品专业的调剂生
已经有0人回复
-
317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂
已经有6人回复
-
化工申博
已经有3人回复
-
申博自荐
已经有0人回复
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
设计荧光定量PCR引物
已经有8人回复
- 求高手帮忙设计引物，急急急啊！
已经有6人回复
- 关于简并引物设计问题
已经有5人回复
- 用几种植物的某一基因的同源序列设计引物
已经有6人回复
- 求助怎么设计这样的引物
已经有19人回复
- 想请教一下做RACE时，特异性引物的设计问题，以及如何根据同源保守区设计引物？
已经有14人回复
- 克隆表达 引物设计
已经有31人回复
- 求助师兄师姐~有关于巢式PCR的问题~~help
已经有11人回复
- 急！PCR产物测序找不到引物
已经有17人回复
- 序列比对后怎么设计RACE的特异性引物
已经有3人回复
- 特异性Promoter引物该怎么设计啊
已经有6人回复
- 引物设计好了怎么检测它的特异性
已经有8人回复
- 提取RNA后，反转录后用β-actinpcr很多条带
已经有20人回复
- 3‘race 求助，急
已经有22人回复
- 关于takata公司的5‘RACE试剂盒中的引物设计
已经有13人回复
- 求助：PCR扩增片段测序结果引物中间多出150bp的片段
已经有5人回复
- 有关定量PCR，急急急
已经有9人回复
- 反转录之后PCR扩增片段问题的请教，急急急
已经有5人回复
- 求解释！PCR产物在目的区有很亮的拖尾！需要回收目的片段！怎么办啊?
已经有22人回复
- mRNA反转录2.3kb有没有问题
已经有7人回复
- 【求助/交流】怎样设计目的基因的引物
已经有8人回复
- 【求助/交流】论文中的引物可否信任？ blast发现特异性不好为什么？谢谢大家
已经有14人回复
- 【求助/交流】RACE引物设计
已经有5人回复
- 【求助/交流】求助SSR引物开发方法
已经有6人回复
- 引物设计求助~
已经有13人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
