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zljuile0713

木虫 (小有名气)

[求助] 求助关于QRT-PCR数据处理问题! 已有2人参与

做了大把定量,数据处理很发愁啊!常用的2-ΔΔCT法处理后感觉不好呀,看文献里有用2-ΔCT法,肿莫我处理后相对表达量超级小啊!好几个都是0.04左右呀,完全神伤了。看文献中有人就是用了target/ref做了相对表达量,不知哪位大神知道这个的具体算法具体运算过程是神马呀,以及相应的文献?假如有大神知道2-ΔCT法的具体算法的运算过程也可以交流交流呀......有关2-ΔΔCT法扫盲也可以(这个的原文我看了,赶脚每遍看的意思都不懂呀).....可以推荐其他好算法,奏是需要附上具体算法的运算过程。本人用的是相对定量,求大神们帮帮忙呀!非常感谢!听说这里高手多,求助求助!
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茂林修竹7

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zljuile0713: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-07-12 13:28:49
zljuile0713: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-07-13 16:45:22
你使用的计算方法和我经常用的应该是一样的。
附件Excel表格里面有公式,有算法,你只需要把相应的数据放到相应的位置,直接下拉使用里面设置好的公式即可。
具体的操作我写在Excel里面了,你先看一下,不明白再聊,希望可以帮助你。

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  • 附件 1 : RealtimequantificationPCRanalysis.xls
  • 2014-07-12 12:41:25, 108 K
将欲取之必先与之
3楼2014-07-12 12:42:56
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茂林修竹7

金虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by zljuile0713 at 2014-07-13 16:27:37
还有个问题想请教一下,我想比较两个处理AB之间的表达量差异,每个处理有8个点。如果用2-ΔΔ的话,初始点相对表达量都是1,不就比不出差异了么?可不可以把AB处理的calibrator都用A的初始点呢?希望能答复!谢谢...

嗯,大致明白你的意思!
可以的。
如果你的目的是:不仅看8个点之间差异,而且看A、B两种处理之间的差异,也就是16个样品选一个参照(任意一个点都可以的)。
另外你可以观察下,L列的值,即△CT,值越大相对表达量越低。
将欲取之必先与之
9楼2014-07-13 16:42:52
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zljuile0713

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 茂林修竹7 at 2014-07-12 12:42:56
你使用的计算方法和我经常用的应该是一样的。
附件Excel表格里面有公式,有算法,你只需要把相应的数据放到相应的位置,直接下拉使用里面设置好的公式即可。
具体的操作我写在Excel里面了,你先看一下,不明白再聊 ...

excel看了,很清楚哈,有一点不明白,您选择样品参照的的选择原则是什么呢?直接选No1还是选择最CT最小的点呢?处理后假如相对表达量小于1怎么办呢?需要做负倒数么?非常感谢您的应助!
4楼2014-07-12 13:35:35
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茂林修竹7

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zljuile0713 at 2014-07-12 13:35:35
excel看了,很清楚哈,有一点不明白,您选择样品参照的的选择原则是什么呢?直接选No1还是选择最CT最小的点呢?处理后假如相对表达量小于1怎么办呢?需要做负倒数么?非常感谢您的应助!...

没有什么原则的!
根据我的习惯,一般No1会是野生型,把它定位1,其他的样品和它比较,或高或低,像附件里的Gene B,No5 No6的相对表达量就是小于1的。
用这个方法是用不到 负倒数的,肯定是 正数。
将欲取之必先与之
5楼2014-07-12 16:22:30
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普通回帖

Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zljuile0713: 金币+3, 有帮助 2014-07-12 09:03:49
你这个值不是不正常,可能基因的表达量就很低

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-07-11 21:24:55
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zljuile0713

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 茂林修竹7 at 2014-07-12 16:22:30
没有什么原则的!
根据我的习惯,一般No1会是野生型,把它定位1,其他的样品和它比较,或高或低,像附件里的Gene B,No5 No6的相对表达量就是小于1的。
用这个方法是用不到 负倒数的,肯定是 正数。...

嗯嗯,非常感谢!帮助真的很大呀!

[ 发自小木虫客户端 ]
6楼2014-07-13 08:50:52
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huangagua

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 茂林修竹7 at 2014-07-12 12:42:56
你使用的计算方法和我经常用的应该是一样的。
附件Excel表格里面有公式,有算法,你只需要把相应的数据放到相应的位置,直接下拉使用里面设置好的公式即可。
具体的操作我写在Excel里面了,你先看一下,不明白再聊 ...

感谢,对我也很有帮助~
7楼2014-07-13 13:50:54
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zljuile0713

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 茂林修竹7 at 2014-07-12 16:22:30
没有什么原则的!
根据我的习惯,一般No1会是野生型,把它定位1,其他的样品和它比较,或高或低,像附件里的Gene B,No5 No6的相对表达量就是小于1的。
用这个方法是用不到 负倒数的,肯定是 正数。...

还有个问题想请教一下,我想比较两个处理AB之间的表达量差异,每个处理有8个点。如果用2-ΔΔ的话,初始点相对表达量都是1,不就比不出差异了么?可不可以把AB处理的calibrator都用A的初始点呢?希望能答复!谢谢
8楼2014-07-13 16:27:37
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zljuile0713

木虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 茂林修竹7 at 2014-07-13 16:42:52
嗯,大致明白你的意思!
可以的。
如果你的目的是:不仅看8个点之间差异,而且看A、B两种处理之间的差异,也就是16个样品选一个参照(任意一个点都可以的)。
另外你可以观察下,L列的值,即△CT,值越大相对表 ...

哦哦,明白了,太感谢了,估计疏忽了这一点,我数据比较起来才会那么无从下手,谢谢谢谢!真心是非常感谢呀!
10楼2014-07-13 16:44:45
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