24小时热门版块排行榜    

查看: 4048  |  回复: 11

zljuile0713

木虫 (小有名气)

[求助] 求助关于QRT-PCR数据处理问题! 已有2人参与

做了大把定量,数据处理很发愁啊!常用的2-ΔΔCT法处理后感觉不好呀,看文献里有用2-ΔCT法,肿莫我处理后相对表达量超级小啊!好几个都是0.04左右呀,完全神伤了。看文献中有人就是用了target/ref做了相对表达量,不知哪位大神知道这个的具体算法具体运算过程是神马呀,以及相应的文献?假如有大神知道2-ΔCT法的具体算法的运算过程也可以交流交流呀......有关2-ΔΔCT法扫盲也可以(这个的原文我看了,赶脚每遍看的意思都不懂呀).....可以推荐其他好算法,奏是需要附上具体算法的运算过程。本人用的是相对定量,求大神们帮帮忙呀!非常感谢!听说这里高手多,求助求助!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子生化实验经验积累 核酸生物学实验经验

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

茂林修竹7

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zljuile0713: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-07-12 13:28:49
zljuile0713: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-07-13 16:45:22
你使用的计算方法和我经常用的应该是一样的。
附件Excel表格里面有公式,有算法,你只需要把相应的数据放到相应的位置,直接下拉使用里面设置好的公式即可。
具体的操作我写在Excel里面了,你先看一下,不明白再聊,希望可以帮助你。

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : RealtimequantificationPCRanalysis.xls
  • 2014-07-12 12:41:25, 108 K
将欲取之必先与之
3楼2014-07-12 12:42:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

茂林修竹7

金虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by zljuile0713 at 2014-07-13 16:27:37
还有个问题想请教一下,我想比较两个处理AB之间的表达量差异,每个处理有8个点。如果用2-ΔΔ的话,初始点相对表达量都是1,不就比不出差异了么?可不可以把AB处理的calibrator都用A的初始点呢?希望能答复!谢谢...

嗯,大致明白你的意思!
可以的。
如果你的目的是:不仅看8个点之间差异,而且看A、B两种处理之间的差异,也就是16个样品选一个参照(任意一个点都可以的)。
另外你可以观察下,L列的值,即△CT,值越大相对表达量越低。
将欲取之必先与之
9楼2014-07-13 16:42:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zljuile0713

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 茂林修竹7 at 2014-07-12 12:42:56
你使用的计算方法和我经常用的应该是一样的。
附件Excel表格里面有公式,有算法,你只需要把相应的数据放到相应的位置,直接下拉使用里面设置好的公式即可。
具体的操作我写在Excel里面了,你先看一下,不明白再聊 ...

excel看了,很清楚哈,有一点不明白,您选择样品参照的的选择原则是什么呢?直接选No1还是选择最CT最小的点呢?处理后假如相对表达量小于1怎么办呢?需要做负倒数么?非常感谢您的应助!
4楼2014-07-12 13:35:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

茂林修竹7

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zljuile0713 at 2014-07-12 13:35:35
excel看了,很清楚哈,有一点不明白,您选择样品参照的的选择原则是什么呢?直接选No1还是选择最CT最小的点呢?处理后假如相对表达量小于1怎么办呢?需要做负倒数么?非常感谢您的应助!...

没有什么原则的!
根据我的习惯,一般No1会是野生型,把它定位1,其他的样品和它比较,或高或低,像附件里的Gene B,No5 No6的相对表达量就是小于1的。
用这个方法是用不到 负倒数的,肯定是 正数。
将欲取之必先与之
5楼2014-07-12 16:22:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zljuile0713: 金币+3, 有帮助 2014-07-12 09:03:49
你这个值不是不正常,可能基因的表达量就很低

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-07-11 21:24:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zljuile0713

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 茂林修竹7 at 2014-07-12 16:22:30
没有什么原则的!
根据我的习惯,一般No1会是野生型,把它定位1,其他的样品和它比较,或高或低,像附件里的Gene B,No5 No6的相对表达量就是小于1的。
用这个方法是用不到 负倒数的,肯定是 正数。...

嗯嗯,非常感谢!帮助真的很大呀!

[ 发自小木虫客户端 ]
6楼2014-07-13 08:50:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huangagua

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 茂林修竹7 at 2014-07-12 12:42:56
你使用的计算方法和我经常用的应该是一样的。
附件Excel表格里面有公式,有算法,你只需要把相应的数据放到相应的位置,直接下拉使用里面设置好的公式即可。
具体的操作我写在Excel里面了,你先看一下,不明白再聊 ...

感谢,对我也很有帮助~
7楼2014-07-13 13:50:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zljuile0713

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 茂林修竹7 at 2014-07-12 16:22:30
没有什么原则的!
根据我的习惯,一般No1会是野生型,把它定位1,其他的样品和它比较,或高或低,像附件里的Gene B,No5 No6的相对表达量就是小于1的。
用这个方法是用不到 负倒数的,肯定是 正数。...

还有个问题想请教一下,我想比较两个处理AB之间的表达量差异,每个处理有8个点。如果用2-ΔΔ的话,初始点相对表达量都是1,不就比不出差异了么?可不可以把AB处理的calibrator都用A的初始点呢?希望能答复!谢谢
8楼2014-07-13 16:27:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zljuile0713

木虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 茂林修竹7 at 2014-07-13 16:42:52
嗯,大致明白你的意思!
可以的。
如果你的目的是:不仅看8个点之间差异,而且看A、B两种处理之间的差异,也就是16个样品选一个参照(任意一个点都可以的)。
另外你可以观察下,L列的值,即△CT,值越大相对表 ...

哦哦,明白了,太感谢了,估计疏忽了这一点,我数据比较起来才会那么无从下手,谢谢谢谢!真心是非常感谢呀!
10楼2014-07-13 16:44:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zljuile0713 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[基金申请] 明天应该可查了!? +4 chengyan1220 2026-08-23 4/200 2026-08-24 08:47 by gloomy6159
[基金申请] 什么时候开奖? +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +16 羊腰板 2026-08-21 17/850 2026-08-23 23:02 by tianxiaochun
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见