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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 求助关于QRT-PCR数据处理问题！
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zljuile0713

木虫 (小有名气)

[求助] 求助关于QRT-PCR数据处理问题！ 已有2人参与

做了大把定量，数据处理很发愁啊！常用的2-ΔΔCT法处理后感觉不好呀，看文献里有用2-ΔCT法，肿莫我处理后相对表达量超级小啊！好几个都是0.04左右呀，完全神伤了。看文献中有人就是用了target/ref做了相对表达量，不知哪位大神知道这个的具体算法具体运算过程是神马呀，以及相应的文献？假如有大神知道2-ΔCT法的具体算法的运算过程也可以交流交流呀......有关2-ΔΔCT法扫盲也可以（这个的原文我看了，赶脚每遍看的意思都不懂呀）.....可以推荐其他好算法，奏是需要附上具体算法的运算过程。本人用的是相对定量，求大神们帮帮忙呀！非常感谢！听说这里高手多，求助求助！
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1楼 2014-07-11 17:05:04
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

茂林修竹7

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zljuile0713: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-07-12 13:28:49
zljuile0713: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-07-13 16:45:22
你使用的计算方法和我经常用的应该是一样的。
附件Excel表格里面有公式，有算法，你只需要把相应的数据放到相应的位置，直接下拉使用里面设置好的公式即可。
具体的操作我写在Excel里面了，你先看一下，不明白再聊，希望可以帮助你。
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  • 附件 1 : RealtimequantificationPCRanalysis.xls
    • 2014-07-12 12:41:25, 108 K
将欲取之必先与之
3楼2014-07-12 12:42:56
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茂林修竹7

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zljuile0713 at 2014-07-13 16:27:37
还有个问题想请教一下，我想比较两个处理AB之间的表达量差异，每个处理有8个点。如果用2-ΔΔ的话，初始点相对表达量都是1，不就比不出差异了么？可不可以把AB处理的calibrator都用A的初始点呢？希望能答复！谢谢...

嗯，大致明白你的意思！
可以的。
如果你的目的是：不仅看8个点之间差异，而且看A、B两种处理之间的差异，也就是16个样品选一个参照（任意一个点都可以的）。
另外你可以观察下，L列的值，即△CT，值越大相对表达量越低。
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将欲取之必先与之
9楼2014-07-13 16:42:52
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zljuile0713

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 茂林修竹7 at 2014-07-12 12:42:56
你使用的计算方法和我经常用的应该是一样的。
附件Excel表格里面有公式，有算法，你只需要把相应的数据放到相应的位置，直接下拉使用里面设置好的公式即可。
具体的操作我写在Excel里面了，你先看一下，不明白再聊 ...

excel看了，很清楚哈，有一点不明白，您选择样品参照的的选择原则是什么呢？直接选No1还是选择最CT最小的点呢？处理后假如相对表达量小于1怎么办呢？需要做负倒数么？非常感谢您的应助！
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4楼2014-07-12 13:35:35
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茂林修竹7

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zljuile0713 at 2014-07-12 13:35:35
excel看了，很清楚哈，有一点不明白，您选择样品参照的的选择原则是什么呢？直接选No1还是选择最CT最小的点呢？处理后假如相对表达量小于1怎么办呢？需要做负倒数么？非常感谢您的应助！...

没有什么原则的！
根据我的习惯，一般No1会是野生型，把它定位1，其他的样品和它比较，或高或低，像附件里的Gene B，No5 No6的相对表达量就是小于1的。
用这个方法是用不到 负倒数的，肯定是 正数。
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将欲取之必先与之
5楼2014-07-12 16:22:30
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普通回帖

Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zljuile0713: 金币+3, ★有帮助 2014-07-12 09:03:49
你这个值不是不正常，可能基因的表达量就很低

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2楼2014-07-11 21:24:55
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zljuile0713

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 茂林修竹7 at 2014-07-12 16:22:30
没有什么原则的！
根据我的习惯，一般No1会是野生型，把它定位1，其他的样品和它比较，或高或低，像附件里的Gene B，No5 No6的相对表达量就是小于1的。
用这个方法是用不到 负倒数的，肯定是 正数。...

嗯嗯，非常感谢！帮助真的很大呀！

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6楼2014-07-13 08:50:52
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huangagua

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 茂林修竹7 at 2014-07-12 12:42:56
你使用的计算方法和我经常用的应该是一样的。
附件Excel表格里面有公式，有算法，你只需要把相应的数据放到相应的位置，直接下拉使用里面设置好的公式即可。
具体的操作我写在Excel里面了，你先看一下，不明白再聊 ...

感谢，对我也很有帮助~
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7楼2014-07-13 13:50:54
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zljuile0713

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 茂林修竹7 at 2014-07-12 16:22:30
没有什么原则的！
根据我的习惯，一般No1会是野生型，把它定位1，其他的样品和它比较，或高或低，像附件里的Gene B，No5 No6的相对表达量就是小于1的。
用这个方法是用不到 负倒数的，肯定是 正数。...

还有个问题想请教一下，我想比较两个处理AB之间的表达量差异，每个处理有8个点。如果用2-ΔΔ的话，初始点相对表达量都是1，不就比不出差异了么？可不可以把AB处理的calibrator都用A的初始点呢？希望能答复！谢谢
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8楼2014-07-13 16:27:37
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zljuile0713

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 茂林修竹7 at 2014-07-13 16:42:52
嗯，大致明白你的意思！
可以的。
如果你的目的是：不仅看8个点之间差异，而且看A、B两种处理之间的差异，也就是16个样品选一个参照（任意一个点都可以的）。
另外你可以观察下，L列的值，即△CT，值越大相对表 ...

哦哦，明白了，太感谢了，估计疏忽了这一点，我数据比较起来才会那么无从下手，谢谢谢谢！真心是非常感谢呀！
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10楼2014-07-13 16:44:45
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