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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 荧光定量引物设计问题
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xiehuiling

新虫 (初入文坛)

[求助] 荧光定量引物设计问题 已有2人参与

我之前是先跑的蛋白 ，根据蛋白去查找DNA序列，但是 我的蛋白质gi编号找不到对应的我想要的物种，然后就没办法去设计引物了，请问，这个有什么别的方法吗？
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1楼 2014-05-21 17:24:51
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+4, 鼓励交流！ 2014-05-22 04:00:20
1.先用你的蛋白序列在NCBI上做个tblastn比对，寻找和你蛋白序列能高度匹配的核酸序列，根据该核酸序列设计引物；
2.在上步找到匹配核酸序列后，继续查找不同物种该核酸序列的同源序列，多序列比对，找到保守区，根据保守区设计引物；
3.直接根据蛋白质序列，结合密码子偏好，设计简并引物，扩出序列后测序，再根据测序结果设计定量引物。
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2楼2014-05-21 23:54:18
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
数据库没有这个物种的目的基因信息就没办法了
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3楼2014-05-22 08:58:21
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xiehuiling

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-05-21 23:54:18
1.先用你的蛋白序列在NCBI上做个tblastn比对，寻找和你蛋白序列能高度匹配的核酸序列，根据该核酸序列设计引物；
2.在上步找到匹配核酸序列后，继续查找不同物种该核酸序列的同源序列，多序列比对，找到保守区，根 ...

能具体在说清楚点吗？露珠是小白一枚
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4楼2014-05-22 15:07:24
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