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xiehuiling

新虫 (初入文坛)

[求助] 荧光定量引物设计问题 已有2人参与

我之前是先跑的蛋白 ,根据蛋白去查找DNA序列,但是 我的蛋白质gi编号找不到对应的我想要的物种,然后就没办法去设计引物了,请问,这个有什么别的方法吗?
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+4, 鼓励交流! 2014-05-22 04:00:20
1.先用你的蛋白序列在NCBI上做个tblastn比对,寻找和你蛋白序列能高度匹配的核酸序列,根据该核酸序列设计引物;
2.在上步找到匹配核酸序列后,继续查找不同物种该核酸序列的同源序列,多序列比对,找到保守区,根据保守区设计引物;
3.直接根据蛋白质序列,结合密码子偏好,设计简并引物,扩出序列后测序,再根据测序结果设计定量引物。
2楼2014-05-21 23:54:18
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
数据库没有这个物种的目的基因信息就没办法了
3楼2014-05-22 08:58:21
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xiehuiling

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-05-21 23:54:18
1.先用你的蛋白序列在NCBI上做个tblastn比对,寻找和你蛋白序列能高度匹配的核酸序列,根据该核酸序列设计引物;
2.在上步找到匹配核酸序列后,继续查找不同物种该核酸序列的同源序列,多序列比对,找到保守区,根 ...

能具体在说清楚点吗?露珠是小白一枚
4楼2014-05-22 15:07:24
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