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载体构建，测序结果显示目的基因全突变，克隆入T载体，菌液PCR全是假阳性 已有5人参与
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| 各位前辈好，本人研一，进入实验室将近一年，最近构建真核表达载体5个，从细胞内trizol法提取总RNA，反转录产物作为模板，用5队特异性引物均能扩出目的片段，胶回收，回收产物琼脂糖电泳检测，双酶切，连接20小时，转化，挑菌各12个，于1.5ml EP管内加入500ul LB，摇混，行菌液PCR，电泳结果均为引物二聚体，反复做了多次，都是这样，第四次的时候出了几个阳性的，测序又显示全突变，，目的基因大小700多bp，PCR用的是艾德莱的 MIX，最后用LA酶扩，测序仍然有突变，关键是，模板是细胞内提取的RNA反转录得到的，怎么会有突变？求指点，谢谢 |
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 分子生化实验经验积累 |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
liuwhlong(myprayer代发): 金币+2, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-01 20:45:01
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全突变是什么意思？是根本不是你想要的基因，还是突变率很高？ 如果不是你要想要的基因， cDNA的PCR产物后直接送去测序，如果是你想要的基因，继续往下做。如果不是你想要的基因，请分析PCR产物序列，找出错配的原因，重新设计引物，避开错配。还有就是你选对了细胞系了吗？cDNA是有组织特异性的。建议你用Expression Atlas（http://www.ebi.ac.uk/gxa/home）去分析下你的基因在哪些细胞系里面表达相对高，具体方法自己去看xpression Atlas官方的帮助文档，不难。 如果是突变率很高， PCR实验过程中产生的突变率是相当低的，楼上说了，可以换高保真酶，如果换酶注意这个酶能否产生A末端，KOD酶不能产生A末端，不能直接连T载体的。 还有基因有很多variant（变异体），还有可能有不同的transcript（转录本）。它们之间去比较的话，很显然你会得出突变很多的结论。 检测是否连接正确，我有一个简单的方法，比菌落PCR、提取质粒后酶切快捷，经济： 1、挑菌后，摇4h-6h 2、80ul菌液+20ul苯酚（可以自己配置细菌裂解液，我比较懒，直接用苯酚了）+20ul 6x loading buffer 3、震荡后离心，取20ul上清电泳，同时点空质粒做对照。 如果有插入片段的话，会有比空质粒慢一点点的条带。插入片段在500以上，基本上能分清。 |
5楼2014-05-01 20:43:14
【答案】应助回帖
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gyesang: 金币+4, 鼓励交流！ 2014-05-04 14:31:49
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首先确定是出现两个问题，一个是P不出来，全是二聚体；在一个就是测序发现不是目的片段 问题回答1：出现引物二聚体的原因有很多，有可能是引物浓度太高，一般用0.5um的浓度就够了（50ul体系里加1ul 10um浓度的引物），还有可能是是退火温度太高，试试降低退火温度的效果，再一个就是没有模板。 2、出现测序结果不是目的片段的可能原因，要么就是测序是反向测的，你比对的时候没有把序列反义过来比对，所以比对的结果全是反的，也就是完全对不上号。再或者测序的结果是载体本身的片段，并不是你的目的片段，所以，选择测序引物的时候也要注意用合适的，如果测序引物对于载体的来讲本身就可以P出来几百的片段，那可能你的目的片段根本就没有练上去,P出来的几百的片段实际是载体上的片段 |
9楼2014-05-04 10:48:05
zep616745243
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