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皇猪

木虫 (正式写手)

[求助] 基因克隆流程 已有1人参与

春节来了,本人给大家先拜个年,祝大家马年马上有车,马上有房,马上有对象,马上有金山。。。。。。


   各位学者,
  
         本人最近需要对100bp左右的PCR扩增产物测序,按照测序公司的要求,做了基因克隆,第一次做克隆吧,测序出来的结果显示
序列有920bp,远大于我的目的片段,而且测出的序列也不是我需要的,因年底从实验室回家了,这个问题还没有进行多深的探讨,想在小木虫
论坛上咨询咨询做过克隆测序的前辈,为了实现测序目的该怎么做基因克隆,具体流程怎样????

     再次向大家拜年,祝大家新年快乐,阖家欢乐!!!
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bujunyang

木虫 (正式写手)

卓尔不群

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+5, 鼓励交流 2014-01-30 08:03:22
皇猪: 金币+3 2014-02-01 22:43:16
皇猪: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-02-02 13:20:28
建议你还是先了解一下测序原理。一个测序反应一般可以测800到1000bp。测序的结果,前边的几十个碱基和最后的几十个碱基是测不准确的,所以测序公司会建议把DNA片段连接到一个载体上去,测序反应从载体开始,这样就可以保证你的序列不会落到最前面的几十个碱基中。你需要做的是做连接和转化,挑选正确的克隆送去测序,然后从返回的结果中找到你的序列。
来是偶然,去是必然。
3楼2014-01-30 00:16:21
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Lau_Kimura

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+5, 鼓励交流 2014-01-30 08:03:17
皇猪: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-02-01 22:43:12
皇猪: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-02-02 13:21:04
最简单的TA克隆(Taq酶能够在PCR产物的3’末端加上一个非模板依赖的A)

Taq酶PCR,电泳检测产物特异性(如有必要,切胶回收),异丙醇沉淀纯化;

连接:Takara 的 pMD 18-T Vector试剂盒;

电击转化:取1-1.5微升重组质粒,40微升分装的E.coli感受态,1100V,200欧姆(1mm电击杯);

涂板:2倍YT培养基(1mL)复苏30min后,取100微升涂布抗性筛选平板;

摇菌:挑取单菌落加入抗性LB培养基中,摇菌过夜;

PCR检测:粗提质粒(200微升沉淀,加50微升水重悬浮,95度7分钟裂解,离心取2微升上清做模版)。

提质粒,消化RNA,送测序即可。
2楼2014-01-29 23:32:55
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547star

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励交流! 2014-02-02 09:47:53
可能你的100bp因为太靠近测序引物,没测出来,或者就在900多bp的测序结果中,只是你没认真分析找出来。
为什么
4楼2014-01-31 00:59:09
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mao081312

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
皇猪: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-02-02 13:20:18
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-02-04 18:43:29
你pcr扩增时跑电泳验证大小是100bp左右么?你送测序的样品是pcr未纯化,还是连上了克隆载体的呢?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2014-02-02 08:21:43
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mao081312

铁虫 (小有名气)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-02-02 09:48:21
噢,看到了,你连了载体,那应该是用通用引物测序的吧,你的目的序列应该就在测序结果中,自己找找,除去上边T 载的序列,剩下的就是你的目的序列了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
6楼2014-02-02 08:24:48
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mao081312

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 皇猪 at 2014-02-04 18:13:03
没有,听公司说可以直接送去,我就没做了。。。。...

那你在转化后平板上长了多少菌落,长得太多或太少可能就不太对…如果没做菌落pcr验证,那就需要多送些样测序了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
10楼2014-02-05 12:38:03
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普通回帖

皇猪

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by mao081312 at 2014-02-02 08:21:43
你pcr扩增时跑电泳验证大小是100bp左右么?你送测序的样品是pcr未纯化,还是连上了克隆载体的呢?

纯化后再连接的。
没有梦想,那跟咸鱼有什么分别
7楼2014-02-02 13:20:09
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mao081312

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 皇猪 at 2014-02-02 13:20:09
纯化后再连接的。...

连接后挑的阳性克隆有做菌落pcr验证么

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
8楼2014-02-03 07:08:41
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皇猪

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by mao081312 at 2014-02-03 07:08:41
连接后挑的阳性克隆有做菌落pcr验证么
...

没有,听公司说可以直接送去,我就没做了。。。。
没有梦想,那跟咸鱼有什么分别
9楼2014-02-04 18:13:03
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