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swfssss

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[求助] 我要做电子克隆已有1人参与

生物信息学的作业，要求电子克隆某个物种的某个未知基因，关键是我不知道要克隆什么基因！
我就想请问各位大侠，我该如何选择我要克隆的基因？我怎么知道我要克隆的那个基因是否已经有人克隆（报道）过了？
希望各位前辈赐教，感激不尽！

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1楼 2014-01-02 14:09:40

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yudaoqian88

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wizardfan: 金币+2, 应助指数+1, 谢谢参与 2014-01-06 05:16:12
swfssss: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢楼主的热心解答 2014-01-06 18:07:07

我是个外行，对严格的电子克隆内容缺乏了解！仅就个人理解加以叙述！

对于新基因，我个人理解分为两类，以物种A、B加以区分。就单独的A物种而言，没有报道的就是新基因;同时对比A,B两个物种，同一个基因在A中有报道，但是在B中没有，那么这个基因在B中也是个新基因，也符合楼主的要求（仅仅是个人理解哈）

对于克隆克隆，我向楼主推荐一个方法，不知道是否合适，就是“同源克隆法”

比如说楼主现在的目标物种是A，楼主可以在A以外的其他物种中寻找目标基因，比如说B，或者其他模式生物，找相关途径感兴趣的基因，什么基因都可以。

验证这个基因是否在目标物种中已被研究，可以利用NCBI的BLAST,把序列粘进去，直接运行，看看是否在目标序列有高度同源的物种即可！
如果目标物种有参考全基因组序列，那么直接拿那个基因与目标物种全基因组做比对，或者比对蛋白，蛋白相似性40%以上的都可以理解为具有同源性。

如果目标物种没有参考序列，我就不知道这个电子克隆要做到什么了，通常的方式是，比对除目标物种以为的其他物种的目标基因，找基因保守序列，然后根据保守序列设计引物，用目标物种的DNA做模板扩增，可以直接拿到目标基因在目标物种中的序列！

祝楼主顺利，再坐等高手的赐教！

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