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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » PCR优化问题 求助
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小星丹925

木虫 (著名写手)

[交流] PCR优化问题 求助

这是我做148bp 的IL-2 梯度PCR图，首先我设计的引物具体信息是 S: 5'  TGGCTGTATTTCGGTAGCAATG  3'  
A: 5'  TGGTGTGTAGAGCTCGAGATGAA  3'      GT%,TM 值如图

体系为95度3min； 94度30s，退火梯度30s，72度30s 35个循环，72度5min
梯度pcr温度从左到右分别为 64, 63.3 ,59.6 ,56.7 .54.4，52.8
结果很奇怪，自己片段一个都没有出，出的片段比目的基因大，而且还有很多二聚体，求高人指点，问题出在哪呢？根据结果分析 引物，cDNA，pcr体系和退火温度的设定哪个设的不对么？请大家多给点意见，谢谢
还有哦，大家可以看下我的内参基因就跑出来了如图3，还挺亮的，不知道是不是能排除cDNA的问题呢？
PCR优化问题 求助
图片2.png


PCR优化问题 求助-1
IMG_1650.JPG


PCR优化问题 求助-2
IMG_1651.JPG
PCR优化问题 求助-3
图3 右边的pcr条带是B-actin内参.JPG



[ Last edited by 小星丹925 on 2013-12-5 at 10:19 ]
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1楼 2013-12-03 13:16:43
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小星丹925

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yuxiangdan at 2013-12-03 16:49:37
不知道你那引物设计的位置可不可以改，至少可以看出你这引物设计的不合理，再看看引物设计的原则吧！换个位置设计吧

怎么看出来的位置不合理呢？能详细说一下么？谢谢
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3楼2013-12-03 17:43:49
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yuxiangdan

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-12-03 20:26:43
小星丹925: 金币+2 2013-12-05 10:20:01
不知道你那引物设计的位置可不可以改，至少可以看出你这引物设计的不合理，再看看引物设计的原则吧！换个位置设计吧

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2楼2013-12-03 16:49:37
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yuxiangdan

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小星丹925 at 2013-12-03 17:43:49
怎么看出来的位置不合理呢？能详细说一下么？谢谢...

那引物设计软件有那么多found

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2013-12-03 18:31:37
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grape_vine

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+3, 鼓励交流！ 2013-12-04 02:08:33
小星丹925: 金币+5, 谢谢 2013-12-04 21:26:51
你确信你这个扩增出来应该是148bp吗? 如果是基因组上扩增,应该是多大呢?
我感觉引物设计没有问题啊! 而且跑胶的时候问什么都是中间那个扩增不出来呢?这两个温度也不连续阿!
建议你检查一下看看,
1 是不是cDNA里面有基因组污染?
2 是不是cDNA有问题?
3 有没有可能是某条引物的单引物扩增?
能想到的暂时就这么多了!
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5楼2013-12-03 21:04:55
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