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学术问题

银虫 (小有名气)

[求助] 求助——荧光定量程序设计问题

在荧光程序设计上 一般说明书上的程序是 95 30s , 95  5s , 60  30s , 39个循环,95  10s ,65  5s , 95  5s 。  其中的60度 退火这一步 可以改成54,55 等其他温度吗??因为我用不同PCR扩的时候,在54度才有条带,到了60度就什么都没有了,用60度做荧光定量我觉得可定做不出来啊。。(我用60度跑过程序,CT值差不多在35个循环以后,那就不可信了啊)    求大神指点。。。。。急急

[ Last edited by 1949stone on 2013-9-22 at 12:02 ]
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微生物小硕
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wangcheng2650

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
学术问题(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香。分子生物期待你更多精彩 。 2013-09-22 12:12:03
绝对可以!弄清楚原理撒!
日子是混出来的!
2楼2013-09-22 11:59:18
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hl16010921

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香。分子生物期待你更多精彩 。 2013-09-23 08:53:52
60度是退火加延伸。一般两步法把这两步合并了,要改动的话建议改为三步法.60度不是最佳延伸温度,低于60度taq的延伸速度更慢,所以退火温度调低时要加延伸步骤,并调整延伸时间。
3楼2013-09-22 13:41:24
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学术问题

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hl16010921 at 2013-09-22 13:41:24
60度是退火加延伸。一般两步法把这两步合并了,要改动的话建议改为三步法.60度不是最佳延伸温度,低于60度taq的延伸速度更慢,所以退火温度调低时要加延伸步骤,并调整延伸时间。

上面有一点说错了  我是做的普通PCR (不是不同PCR),在54度有条带,60度就没有了。 也就是说我可以把荧光定量的程序中60度 改成 54度是吧??
微生物小硕
4楼2013-09-22 15:52:03
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学术问题

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wangcheng2650 at 2013-09-22 11:59:18
绝对可以!弄清楚原理撒!

确定不啊,我同门怎么说不行呢???确定不啊?
微生物小硕
5楼2013-09-22 15:52:44
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wangcheng2650

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
学术问题: 金币+5, 有帮助 2013-09-22 16:23:07
学术问题: 金币+14, 谢谢啊 2013-09-22 16:23:20
引用回帖:
5楼: Originally posted by 学术问题 at 2013-09-22 15:52:44
确定不啊,我同门怎么说不行呢???确定不啊?...

可以,按照普通PCR运行就行,把荧光收集设定在延伸那一步就好!自己试试就知道了,不要小马过河!
日子是混出来的!
6楼2013-09-22 16:12:35
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hl16010921

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 学术问题 at 2013-09-22 15:52:03
上面有一点说错了  我是做的普通PCR (不是不同PCR),在54度有条带,60度就没有了。 也就是说我可以把荧光定量的程序中60度 改成 54度是吧??...

由于荧光定量是两步法,普通PCR是三步法,单单把60度改为54度是不行的,你必须添加延伸这一步(Taq在54度的性能不可知)。就是如wangcheng2650,将荧光PCR的条件全改为PCR的条件。
7楼2013-09-22 21:20:32
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qureen

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by wangcheng2650 at 2013-09-22 16:12:35
可以,按照普通PCR运行就行,把荧光收集设定在延伸那一步就好!自己试试就知道了,不要小马过河!...

请问荧光收集怎么设定啊, 能给个具体参数吗
8楼2013-09-22 23:50:36
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pennchem

专家顾问 (正式写手)

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FYI

Taq酶只有10%的活性(相对于最佳活性)

Taq holoenzyme and Stoffel with two different substrates; in both cases the
assay is of course for second strand synthesis. For the holoenzyme the optimal
activity is either 75 or 80 C, depending on the substrate. In their graphs the
activity does not fall off "rapidly" above the apparent optimum. It is also
clear that Taq does have 10% or higher activity at 55 C, which is a common
temperature for the annealing step in PCR.
行至水穷处,坐看云起时
9楼2013-09-23 11:38:42
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wangcheng2650

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by qureen at 2013-09-22 23:50:36
请问荧光收集怎么设定啊, 能给个具体参数吗...

把data collection设定在PCR程序延伸阶段!
日子是混出来的!
10楼2013-09-23 16:52:25
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