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qureen

新虫 (初入文坛)

[求助] 各位大侠,荧光定量中怎么设置检测荧光的温度呢

各位大侠,我看到说提高检测荧光的温度可以避免二聚体的产生,请问这个荧光检测温度怎么设置呢?
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hl16010921

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-09-10 15:13:46
raeltime-PCR?你确定说法是提高检测荧光温度?还是提高退火温度的意思?因为即使荧光检测部分不工作(检测荧光温度无视)PCR条件不变,二聚体的产生就不变吧。LZ说的更详细些。
2楼2013-09-10 14:42:44
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qureen

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hl16010921 at 2013-09-10 14:42:44
raeltime-PCR?你确定说法是提高检测荧光温度?还是提高退火温度的意思?因为即使荧光检测部分不工作(检测荧光温度无视)PCR条件不变,二聚体的产生就不变吧。LZ说的更详细些。

我是想提高检测荧光的温度,设计了好几对引物,但做荧光定量时都有二聚体,想提高温度不检测二聚体,不知是否可行?
3楼2013-09-22 23:34:55
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hl16010921

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


qureen: 金币+1, 有帮助 2013-09-23 14:52:08
两步法就两个温度,解链温度(不能检测),退火和延伸温度(一般为60度,检测荧光),如果要改变检测温度必然需要改变退火和延伸温度,或者干脆改为三步法,然后调整退火温度(有人直接用延伸温度检测。。。)
4楼2013-09-23 10:45:18
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pennchem

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖


qureen: 金币+1, 有帮助 2013-09-23 14:51:57
可不可以先做常规PCR,看退火温度是多少,两步法温度也有60度,如果60度还有很多引物二聚体,那设计真的改改
行至水穷处,坐看云起时
5楼2013-09-23 11:27:15
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qureen

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hl16010921 at 2013-09-23 10:45:18
两步法就两个温度,解链温度(不能检测),退火和延伸温度(一般为60度,检测荧光),如果要改变检测温度必然需要改变退火和延伸温度,或者干脆改为三步法,然后调整退火温度(有人直接用延伸温度检测。。。)

这个具体怎么设置呢,请指导下!
6楼2013-09-23 14:49:47
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qureen

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by pennchem at 2013-09-23 11:27:15
可不可以先做常规PCR,看退火温度是多少,两步法温度也有60度,如果60度还有很多引物二聚体,那设计真的改改

我做一般PCR的温度是不到60度,是换引物吗?都设计好多对了,二聚体始终都有
7楼2013-09-23 14:51:24
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hl16010921

木虫 (正式写手)

1.我们一般设计realtime PCR引物Tm都是60度左右,实在不好再调整PCR条件。(设定为60度,是为了一次可以检多个基因,并同内参的条件一致)
2。我们一般先跑普通PCR(但用realtime PCR的条件),如果有引物二聚体先降低引物浓度,不行再改为常规的三步法摸引物的退火温度(有梯度模块的PCR仪,很快就会搞定)
3.根据三步法的条件修改荧光PCR仪的设定。
以上都不行只能重新设计引物了。另外使用内参的话,要同时检测同等条件下内参的扩增情况。
8楼2013-09-23 19:30:16
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