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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 哪位大侠能帮忙设计荧光定量引物
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yutaoweiwei

新虫 (初入文坛)

[求助] 哪位大侠能帮忙设计荧光定量引物

物种：玉米
内参actin          sense      GTTGGGCGTCCTCGTCA
        antisense   TGGGTCATCTTCTCCCTGTT
退火温度60
小女子新手，之前设计过N对引物，终于有一个P出来了，测序结果也对，但是不知为什么，时而P出来,时而P不出来，到最后根本不出来了，郁闷！而且荧光定量的曲线也不好，峰值也不好，后来有人说引物需要跨内含子设计，我的引物没有跨内含子，小女子实在是设计不了了，恳请哪位大侠帮忙看看，感激涕零！！！

基因信息见附件，为预测的，其中CDS区以验证，含有两个外显子，一个内含子，中间黄色的三个碱基为第一个外显子后三个碱基。

本人新虫，还请各位大侠不要嫌金币少，帮帮忙，在线等。。。。。。。
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  • 附件 1 : 预测基因5[1].pdf
    • 2012-11-05 17:38:32, 21.94 K

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1楼 2012-11-05 17:40:48
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yutaoweiwei

新虫 (初入文坛)
自己顶，加油
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2楼2012-11-05 18:58:37
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weiweigucao

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
上罗氏网站上设计，网站忘了
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3楼2012-11-06 08:34:21
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tupac225

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你给的序列，看不太懂，最后是不是exon2的氨基酸序列？
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coasttocoast。
4楼2012-11-06 09:03:49
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yutaoweiwei

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tupac225 at 2012-11-06 09:03:49
你给的序列，看不太懂，最后是不是exon2的氨基酸序列？

后面是CDS区的氨基酸序列
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5楼2012-11-06 16:23:40
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yutaoweiwei

新虫 (初入文坛)
各位大侠嫌太简单，不愿费事吗
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6楼2012-11-07 08:09:09
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yutaoweiwei

新虫 (初入文坛)
7楼2012-11-08 20:51:22
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ivarain

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

http://tools.invitrogen.com/cont ... amp;icid=fr-oligo-6
这个网站上直接可以根据需要得到你需要的引物，而且能保证设计的引物退火温度都大约在60度左右
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8楼2012-11-09 09:09:27
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liuan6126

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

不要给出内参基因的引物序列，这样会使得设计者不得不考虑内参的退火温度，这些要同时设计，在同一个退火温度下，有个软件叫bencon designer，专用来定量引物设计
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9楼2012-11-11 11:31:41
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