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yutaoweiwei

新虫 (初入文坛)

[求助] 哪位大侠能帮忙设计荧光定量引物

物种:玉米
内参actin          sense      GTTGGGCGTCCTCGTCA
        antisense   TGGGTCATCTTCTCCCTGTT
退火温度60
小女子新手,之前设计过N对引物,终于有一个P出来了,测序结果也对,但是不知为什么,时而P出来,时而P不出来,到最后根本不出来了,郁闷!而且荧光定量的曲线也不好,峰值也不好,后来有人说引物需要跨内含子设计,我的引物没有跨内含子,小女子实在是设计不了了,恳请哪位大侠帮忙看看,感激涕零!!!

基因信息见附件,为预测的,其中CDS区以验证,含有两个外显子,一个内含子,中间黄色的三个碱基为第一个外显子后三个碱基。

本人新虫,还请各位大侠不要嫌金币少,帮帮忙,在线等。。。。。。。
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  • 附件 1 : 预测基因5[1].pdf
  • 2012-11-05 17:38:32, 21.94 K

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yutaoweiwei

新虫 (初入文坛)

自己顶,加油
2楼2012-11-05 18:58:37
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weiweigucao

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
上罗氏网站上设计,网站忘了
3楼2012-11-06 08:34:21
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tupac225

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你给的序列,看不太懂,最后是不是exon2的氨基酸序列?
coasttocoast。
4楼2012-11-06 09:03:49
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yutaoweiwei

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by tupac225 at 2012-11-06 09:03:49
你给的序列,看不太懂,最后是不是exon2的氨基酸序列?

后面是CDS区的氨基酸序列
5楼2012-11-06 16:23:40
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yutaoweiwei

新虫 (初入文坛)

各位大侠嫌太简单,不愿费事吗
6楼2012-11-07 08:09:09
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yutaoweiwei

新虫 (初入文坛)

7楼2012-11-08 20:51:22
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ivarain

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

http://tools.invitrogen.com/cont ... amp;icid=fr-oligo-6
这个网站上直接可以根据需要得到你需要的引物,而且能保证设计的引物退火温度都大约在60度左右
8楼2012-11-09 09:09:27
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liuan6126

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

不要给出内参基因的引物序列,这样会使得设计者不得不考虑内参的退火温度,这些要同时设计,在同一个退火温度下,有个软件叫bencon designer,专用来定量引物设计
9楼2012-11-11 11:31:41
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