24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 988  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

Jianxiao_H

金虫 (正式写手)

[求助] PCR引物设计问题。

总是得不到想要的引物,我需要tm值在60°C的引物。
像我下图这样弄可以么,引物中有一小段序列不与模板链配对。
或者为了保证tm值,在3‘末端加上一个与模板链配对的碱基。
PCR引物设计问题。
4IA9OLXI`2AS]A7L`Q6B_IC.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

多少辛酸不可告人。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Sthunder

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
Jianxiao_H(gyesang代发): 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-08-01 22:32:18
不知道LZ设计引物的目的是做什么。设计引物的时候3端一定要与模板完全配对,如果你中间有不配对碱基,那么你的有效引物就应该是3端到最后一个连续与模板配对的碱基这一段序列。PS, 如果要P特异长度片段,那么5端就定了,但你可以通过延长or缩短3端来调节Tm,上下游Tm差异最后控制在4度以内,不过6度一般都没问题,我做过最大相差10度的!~ Good luck!
互助互励,共奋共进!!
3楼2013-08-01 21:48:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

Jianxiao_H

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Sthunder at 2013-08-01 21:48:31
不知道LZ设计引物的目的是做什么。设计引物的时候3端一定要与模板完全配对,如果你中间有不配对碱基,那么你的有效引物就应该是3端到最后一个连续与模板配对的碱基这一段序列。PS, 如果要P特异长度片段,那么5端就 ...

用来做荧光定量pcr的,因此产物不需要太长,最多也就300bp,但我心会不会对特异性有影响。
我需要跟内参基因引物tm一样才行,内参的在60°C这样。
谢谢你的经验,很有用。
多少辛酸不可告人。
4楼2013-08-01 22:40:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

丹丹317

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我设计引物的时候不知道为什么也总是退火温度不是很高,用软件设计和在线设计都不是很理想
fighting
5楼2013-08-05 10:12:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jianxiao_H

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 丹丹317 at 2013-08-05 10:12:37
我设计引物的时候不知道为什么也总是退火温度不是很高,用软件设计和在线设计都不是很理想

我感觉gc值和bp数还是对tm有影响的,tm不够的时候我就挪一下引物位置,就差不多了。
btw,你用什么软件设计引物啊?
多少辛酸不可告人。
6楼2013-08-05 10:49:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见