| 查看: 1956 | 回复: 7 | |||
xujingyuanxu铜虫 (正式写手)
|
[求助]
有关植物基因条形码及相关的引物设计问题
|
|
小弟最近在考虑做植物DNA条形码，也看了一些文献，可是一直在迷茫着一些问题，首先是对整个工作流程把握不是很清楚，其次对某些具体的步骤也有些疑问，还请各位高手指点一番。 1、 根据我个人的理解，以ITS2的为例，整个过程：总DNA的提取——ITS2的扩增——PCR扩增产物的纯化——进行目标序列的双向测序——具体数据的处理。不知道这个过程中是不是有漏掉的哪些过程，求指导。 2、 提取总DNA时，有的是使用DNA提取试剂盒，有的则是用CTAB等方法进行提取，请问这有区别么？其次在利用各种不同的分子标记方法时，首先都要提取总DNA，利用这些不同的方法时提取总DNA的方法可以通用吗？ 3、ITS2 为nrDNA，在进行第二步ITS2序列的扩增前不需要把总DNA中的叶绿体DNA先去除么？同样在做叶绿体DNA的片段扩增时，核DNA部去除么？在扩增时他们之间没有影响么？亦或是设计的扩增引物的特异性解决了这个问题呢？ 4、有关扩增引物设计的问题。在针对一段目的基因进行扩增前是不是先要了解它的具体结构和序列，找到两边的保守序列，根据保守序列来设计引物呢？以ITS2为例，它的两边为5.8s和28s基因，均为保守序列，我是不是要查出这两个基因的序列来才能进行引物设计呢？如果我想扩增的是一段不知道序列的基因，也不知道两边是不是有保守序列，这时该怎么设计引物呢？ 5、PCR扩增产物的纯化方法。是用电泳跑胶的方法么？亦或是离心等别的方法？ 在这方面我还是新手中的新手，也在不停地看先关的文献，可是这些问题一直萦绕在我心头，自己看文献也看不明白有时越看越迷茫，当中可能会有些不是问题的问题，希望大家帮忙尽量解答一下！谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
湖北师范大学招调剂啦
已经有9人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有102人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
-
天津商业大学 生物与医药课题组招生
已经有0人回复
-
生物化工学硕招收调剂
已经有0人回复
-
广东石油化工学院2026年硕士研究生需要多名生物，制药工程，食品专业的调剂生
已经有0人回复
-
317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂
已经有6人回复
-
化工申博
已经有3人回复
-
申博自荐
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于基因测序引物的设计
已经有7人回复
- 从头设计引物克隆全长基因
已经有22人回复
- 等位基因特异性PCR的引物该如何用PRIMER 5.0设计
已经有9人回复
- 5'RLM RACE基因特异引物怎么设计啊？
已经有9人回复
- 荧光定量内参基因引物的设计
已经有6人回复
- 扩增基因CDS区域如何设计引物？
已经有36人回复
- 基因的下半部分已经测序完成，引物设计了两次上半部分总是扩不出来是什么原因？
已经有11人回复
- 基因敲除后，鉴定突变体引物如何设计
已经有4人回复
- 如何设计引物来避免转基因植株内源基因的扩增
已经有18人回复
- 如何通过已知序列设计引物获得该基因的全序列？
已经有12人回复
- 想要设计引物 可是NCBI中blast后只有蛋白序列 如何得到基因序列 谢谢啊
已经有15人回复
- 求助-基因克隆及引物设计的问题
已经有6人回复
- 要P一段基因全长，已知CDS，怎么设计引物啊？
已经有10人回复
- 载体构建技术请教，如何设计引物提取基因插入载体中？
已经有3人回复
- DNA条形码能用来分析种内的遗传变异、遗传多样性吗？
已经有11人回复
- 已经带his标签目的蛋白基因如何设计引物啊（目的基因已经接在pET-22b的载体上了）
已经有8人回复
- 已经在Gene bank中查找到了某个基因的序列， 如何设计PVR的上下游引物呢？
已经有7人回复
- 如何设计引物，扩增目的基因的ORF？
已经有6人回复
- 【求助/交流】怎样设计目的基因的引物
已经有8人回复
- 【求助/交流】多拷贝基因的引物设计为什么特别重要？
已经有3人回复
- 【求助/交流】基因克隆设计引物
已经有7人回复
- 【求助/交流】求助：关于做过量表达的基因的引物设计！
已经有4人回复
- 克隆基因全长引物设计问题
已经有32人回复
j134104
金虫 (小有名气)
- 应助: 13 (小学生)
- 金币: 1292.8
- 散金: 300
- 红花: 5
- 帖子: 105
- 在线: 375.6小时
- 虫号: 1209214
- 注册: 2011-02-22
- 性别: GG
- 专业: 基因组学
2楼2013-05-26 08:28:22
xujingyuanxu
铜虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1168.1
- 散金: 61
- 红花: 3
- 帖子: 524
- 在线: 70.3小时
- 虫号: 1024269
- 注册: 2010-05-20
- 专业: 中药资源
3楼2013-05-28 13:59:53
j134104
金虫 (小有名气)
- 应助: 13 (小学生)
- 金币: 1292.8
- 散金: 300
- 红花: 5
- 帖子: 105
- 在线: 375.6小时
- 虫号: 1209214
- 注册: 2011-02-22
- 性别: GG
- 专业: 基因组学
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励跟贴交流！ 2013-05-29 17:55:10
gyesang: 金币+2, 鼓励跟贴交流！ 2013-05-29 17:55:10
|
我觉得你还是没说清楚。 1.如果你做的是植物条形码，直接使用条形码的引物就行了，ITS、rbcL、matK、psbA-trnH等序列的引物在各个物种中都是通用的。 2.比如说这一条：“4、有关扩增引物设计的问题。在针对一段目的基因进行扩增前是不是先要了解它的具体结构和序列，找到两边的保守序列，根据保守序列来设计引物呢？以ITS2为例，它的两边为5.8s和28s基因，均为保守序列，我是不是要查出这两个基因的序列来才能进行引物设计呢？如果我想扩增的是一段不知道序列的基因，也不知道两边是不是有保守序列，这时该怎么设计引物呢？”直接使用ITS2引物TCC GTA GGT GAA CCT GCG G和GCA TCG ATG AAG AAC GCA GC就好了，在你的物种里应该能扩出来 3.如果使用通用引物扩不出来考虑自己设计引物，一般使用同属或者同科植物的序列设计兼并引物，具体参见Primer Premier 5.0软件的说明。 4.这句话：”可是如果我想扩增的是一段不知道序列的基因，也不知道两边是不是有保守序列，这时该怎么设计引物呢？”不知你究竟想干什么，如果不是做条码的片段，又不知道序列。不可能设计引物 |
4楼2013-05-29 09:50:10
xujingyuanxu
铜虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1168.1
- 散金: 61
- 红花: 3
- 帖子: 524
- 在线: 70.3小时
- 虫号: 1024269
- 注册: 2010-05-20
- 专业: 中药资源
5楼2013-05-29 15:16:23
xujingyuanxu
铜虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1168.1
- 散金: 61
- 红花: 3
- 帖子: 524
- 在线: 70.3小时
- 虫号: 1024269
- 注册: 2010-05-20
- 专业: 中药资源
6楼2013-05-29 15:34:40
qinger1110
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 312.4
- 红花: 17
- 帖子: 163
- 在线: 55.5小时
- 虫号: 1129163
- 注册: 2010-10-22
- 专业: 中药质量评价
7楼2013-07-09 22:20:43
妙儿2008
新虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1031
- 散金: 40
- 帖子: 350
- 在线: 88.5小时
- 虫号: 2568010
- 注册: 2013-07-27
- 专业: 生物物理、生物化学与分子
8楼2013-11-16 15:52:42
