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xiaotian1086

金虫 (小有名气)

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[交流] 如何设计引物来避免转基因植株内源基因的扩增

本课题拿到这样一个转基因小麦材料，即通过基因枪方法将玉米中的一基因转到小麦中，且小麦中也有该基因，只是至今还未被克隆出来，也没有序列可供参考。该基因在玉米中表达量很高，在小麦中有微弱的表现。最近想通过荧光定量PCR的方法检测该基因在转基因小麦植株中中的表现，如何设计引物来避免内源基因的扩增呢！
请虫友们集思广益，帮我解决这个头痛的问题吧

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1楼 2012-09-21 18:51:51

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atlanticwi

金虫 (正式写手)

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虫号: 1099992

★ ★ ★ ★
xiaotian1086(金币+1): 谢谢参与
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助了 2012-09-24 10:28:05

嗯................
   我觉的这样没法做，如果不知道序列的话，要是同源性高的话怎么设计都会扩增出来的吧，如果可能的话，个人觉得是应该先克隆出小麦中的这个基因，如果要PCR来做外源基因检测的话，也需要构建内源基因缺陷的突变体，用干扰或用T-DNA插入来做，后将玉米的这个基因转入来看表达。本来PCR式的检测就很怕这种有干扰出现的假阳性，你越这样做的话，个人觉得很难弄。
   是否可以将玉米中这个基因带上标签，转入小麦，然后用抗这个标签的抗体来Western检测蛋白水平的表达，这样来做是否可行呢？
   个人看法，若有说错请高人指点

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xiaotian1086

2楼2012-09-21 20:39:00

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junminh

铜虫 (小有名气)

应助: 29 (小学生)
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帖子: 121
在线: 12.6小时
虫号: 1958417

★
xiaotian1086(金币+1): 谢谢参与

把内源基因先弄出来，PCR或测序什么的，或者P下，如果P不出来，也就说明无影响，这样就可以避免了。

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5楼2012-09-22 16:44:28

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xiaotian1086

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
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在线: 80.5小时
虫号: 631632

送鲜花一朵

引用回帖:

2楼: Originally posted by atlanticwi at 2012-09-21 20:39:00
嗯................
我觉的这样没法做，如果不知道序列的话，要是同源性高的话怎么设计都会扩增出来的吧，如果可能的话，个人觉得是应该先克隆出小麦中的这个基因，如果要PCR来做外源基因检测的话，也需要构 ...

思路很广，学习啦

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8楼2012-09-22 20:08:14

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