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yajune

铁杆木虫 (职业作家)

[求助] 关于荧光定量PCR基因扩增的问题

我试验做的是药物处理以后,斑马鱼肝脏内几种基因表达量变化的试验。我选的基因里边有两个功能接近的基因,DHCR7和DHCR24,这两个是胆固醇生物合成中的脱氢胆固醇还原酶(7位和24位),两个基因的序列是从genebank上查的,然后都是用primer设计的引物。然后试验结果发现,这两个基因的结果有点过于接近,就是他们的表达量随药物处理浓度变化的趋势几乎完全一样,而其他基因则不会有这么接近趋势。再加上这两个基因的功能也一样,只是位点不同,所以我有点怀疑会不会我扩出来其实是一个基因,就是说我虽然是当两个基因设计的引物,但是由于两个基因序列很接近,其实扩增出来的是同一个基因。我以前没做过分子的试验,所以不太懂,我想问一下我说的这种情况是否有可能出现。可能性有多大?然后我怎么判断我扩增出来的这两个基因是两种还是一种?
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gwh775

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yajune: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-05-20 07:22:00
myprayer: 金币+1, 感谢你的慷慨解囊,期待你的精彩。 2013-05-20 08:24:37
你设计出来的引物要去BLAST一下,看看引物是否是特异性,把扩增产物拿去测序,就知道是否是相同的基因
虽然压力大,但路还是要走下去
2楼2013-05-19 23:00:32
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yajune

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gwh775 at 2013-05-19 23:00:32
你设计出来的引物要去BLAST一下,看看引物是否是特异性,把扩增产物拿去测序,就知道是否是相同的基因

谢谢,我用在primer-blast里边把我引物的序列输进去了,然后把生物改成了斑马鱼,别的什么都没调,直接点了get primer,这个操作正确么?下边是DHCR24出来的结果,这个结果能说明引物有特异性么
Sequence (5'->3')        Length        Tm        GC%        Self complementarity        Self 3' complementarity
Forward primer        TCAGGTGACTGCTCTGCTCAACTCT        25        65.45        52.00        4.00        0.00
Reverse primer        ACCAGACTGCCGTCAGCCAACA        22        66.63        59.09        6.00        1.00       

Products on target templates
>NM_001008645.1 Danio rerio 24-dehydrocholesterol reductase (dhcr24), mRNA

product length = 180
Forward primer  1    TCAGGTGACTGCTCTGCTCAACTCT  25
Template        539  .........................  563

Reverse primer  1    ACCAGACTGCCGTCAGCCAACA  22
Template        718  ......................  697
3楼2013-05-20 07:49:11
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gwh775

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yajune at 2013-05-20 07:49:11
谢谢,我用在primer-blast里边把我引物的序列输进去了,然后把生物改成了斑马鱼,别的什么都没调,直接点了get primer,这个操作正确么?下边是DHCR24出来的结果,这个结果能说明引物有特异性么
Sequence (5'-> ...

你这个确实是特异性基因,你要是怀疑着两个产物是否一样,建议你将PCR产物送去测序
虽然压力大,但路还是要走下去
4楼2013-05-20 19:33:53
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yajune

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gwh775 at 2013-05-20 19:33:53
你这个确实是特异性基因,你要是怀疑着两个产物是否一样,建议你将PCR产物送去测序...

特异性基因的意思是什么?是说这对引物扩增出其他基因的概率很小么?
5楼2013-05-22 12:18:40
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foreverlukel

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

也有可能这两个基因在你的药物胁迫下就是有协同作用,也是一个很好的结果呀
6楼2013-05-23 13:45:09
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