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颜英

铜虫 (小有名气)

[求助] 荧光pcr阴性对照有扩增 已有2人参与

最近在做荧光pcr,阴性对照老是有扩增,刚开始以为是引物污染了,就用新的引物,结果还是有扩增;以为是水有问题,就用买的dd水,还是有扩增,这回就剩没换mix了,我这样排除对吗?为森马阴性对照会有扩增呢?
请各位大侠帮帮忙,跪谢啊
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zhangxingc: 金币+1, 欢迎常到微生物版 2013-04-19 08:44:11
扩增产物熔解曲线峰值与正常产物是否相同?做原核还是真核?引物是否跨内含子?做反转录前的RNA样品DNase消化是否完全?
2楼2013-04-19 05:46:29
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qqxs

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zhang8826857: 金币+1, 鼓励积极回帖帮助解答问题 2013-04-24 08:58:15
应该先确定阴性对照里扩增出来的东西是不是和你的目标产物一样,及看看melt curve的出峰温度是不是一样,如果是一样的就是有污染,你有没有额外加Mg?此外操作要小心,可能你定量的基因很广谱,容易污染,可以到超净台里再试试。
3楼2013-04-19 12:33:09
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颜英

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-04-19 05:46:29
扩增产物熔解曲线峰值与正常产物是否相同?做原核还是真核?引物是否跨内含子?做反转录前的RNA样品DNase消化是否完全?

溶解曲线基本重合,做的是原核,沙门氏菌。。。我今天换了mix,还是有扩增,是不是枪的原因啊,我用84洗了枪,不知道会不会有效果。。。。
4楼2013-04-19 16:24:23
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhang8826857: 金币+5, 鼓励积极发帖帮助解答问题 2013-04-24 08:58:28
可能是出现了非特异性扩增带。
PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩增带 与非特异性扩增带。
非特异性条带的出现,其原因:一是引物与靶序列不完全互补、 或引物聚合形成二聚体。二是Mg2+离子浓度过高(大于10mmol/L)、退火温度过低,及PCR循环次数过多(超过30次循环)有关。
其次是酶的质和量,往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶 则不出现,酶量过多有时也会出现非特异性扩增。
其对策有:必要时重新设计引 物。减低酶量或调换另一来源的酶。降低引物量,适当增加模板量,减少循环次 数。适当提高退火温度或采用二温度点法(93℃变性,65℃左右退火与延伸)。

再有是:模板(靶基因)核酸的量与纯化程度。模板核酸的量与纯化程度,是PCR成败与否的关键环节之一,传统的DNA纯化方法通常采用SDS和蛋白酶K来消化处理标本。SDS的主要功能是: 溶解细胞膜上的脂类与蛋白质,因而溶解膜蛋白而破坏细胞膜,并解离细胞中的核蛋白,SDS 还能与蛋白质结合而沉淀; 蛋白酶K能水解消化蛋白质,特别是与DNA结合的组蛋白,再用有机溶剂酚与氯仿抽提掉蛋白质和其它细胞组份,用乙醇或异丙醇沉淀核酸。提取的核酸即可作为模板用于PCR反应。一般临床检测标本,可采用快速简便的方法溶解细胞,裂解病原体,消化除去染色体的蛋白质使靶基因游离,直接用于PCR扩增。RNA模板提取一般采用异硫氰酸胍或蛋白酶K法,要防止RNase降解RNA。
5楼2013-04-19 17:57:52
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
zhang8826857: 金币+2, 鼓励积极发帖帮助解答问题 2013-04-24 08:58:38
目前有两种Taq DNA聚合酶供应, 一种是从栖热水生杆菌中提纯的天然酶,另一种为大肠菌合成的基因工程酶。催化一典型的PCR反应约需酶量2.5U(指总反应体积为100ul时),浓度过高可引起非特异性扩增,浓度过低则合成产物量减少。
6楼2013-04-19 18:10:46
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 颜英 at 2013-04-19 16:24:23
溶解曲线基本重合,做的是原核,沙门氏菌。。。我今天换了mix,还是有扩增,是不是枪的原因啊,我用84洗了枪,不知道会不会有效果。。。。...

你的负对照的模板是什么?RNA样品反转不加逆转录酶还是以水为模板?如果是前者,是样品里的基因组DNA没消化干净,如果是后者,说明体系有污染。
7楼2013-04-20 03:23:12
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颜英

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-04-20 03:23:12
你的负对照的模板是什么?RNA样品反转不加逆转录酶还是以水为模板?如果是前者,是样品里的基因组DNA没消化干净,如果是后者,说明体系有污染。...

阴性对照的模板是水,引物也换了,水也换了,枪也洗了,反应体系也换了,还是有扩增,天哪,问题到底出在哪,神啊,告诉我吧
8楼2013-04-23 21:02:58
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 颜英 at 2013-04-23 21:02:58
阴性对照的模板是水,引物也换了,水也换了,枪也洗了,反应体系也换了,还是有扩增,天哪,问题到底出在哪,神啊,告诉我吧...

可能实验室有气溶胶,试试换一个房间做PCR混合体系。
9楼2013-04-24 03:26:48
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jwucn

至尊木虫 (文坛精英)

..........................帮您顶一个...................................
10楼2013-04-24 07:29:51
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