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昺昺

木虫 (小有名气)

[求助] 如何找到水稻一段序列的上下游序列?

现在有一段水稻基因组序列,约100bp,通过比对能找到这段序列在水稻染色体上的具体位置,但是如何才能下载得到这段序列上下游约200bp的序列呢?
还请各位大虾不吝赐教!请尽量详细些,用的那个数据库,等等。
非常感谢!
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太阳出来,星星要走。
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昺昺

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2013-04-12 14:09:44
如果是用的NCBI的在线Blast比对,比对结果中就有链接,直接打开链接就能看到含有匹配序列的目标水稻序列。

非常感谢!麻烦你跟我具体说明哪个链接,好吗?
找到那种登录号的链接,但是找不到我的序列,
太阳出来,星星要走。
4楼2013-04-13 11:34:42
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昺昺

木虫 (小有名气)

在哪个数据库可以得到其上下游序列啊?日本的RAP-DB可以吗?
太阳出来,星星要走。
2楼2013-04-12 09:26:03
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
昺昺: 金币+2, 有帮助 2013-04-13 11:32:28
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-04-30 17:33:18
如果是用的NCBI的在线Blast比对,比对结果中就有链接,直接打开链接就能看到含有匹配序列的目标水稻序列。
3楼2013-04-12 14:09:44
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
NCBI里面有个叫mapview,也可以从这里下载
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
5楼2013-04-13 15:54:26
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