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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 如何找到水稻一段序列的上下游序列？
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昺昺

木虫 (小有名气)

[求助] 如何找到水稻一段序列的上下游序列？

现在有一段水稻基因组序列，约100bp，通过比对能找到这段序列在水稻染色体上的具体位置，但是如何才能下载得到这段序列上下游约200bp的序列呢？
还请各位大虾不吝赐教！请尽量详细些，用的那个数据库，等等。
非常感谢！
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太阳出来，星星要走。
1楼 2013-04-11 19:54:02
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昺昺

木虫 (小有名气)
在哪个数据库可以得到其上下游序列啊？日本的RAP-DB可以吗？
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太阳出来，星星要走。
2楼2013-04-12 09:26:03
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
昺昺: 金币+2, ★有帮助 2013-04-13 11:32:28
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-04-30 17:33:18
如果是用的NCBI的在线Blast比对，比对结果中就有链接，直接打开链接就能看到含有匹配序列的目标水稻序列。
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3楼2013-04-12 14:09:44
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昺昺

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2013-04-12 14:09:44
如果是用的NCBI的在线Blast比对，比对结果中就有链接，直接打开链接就能看到含有匹配序列的目标水稻序列。

非常感谢！麻烦你跟我具体说明哪个链接，好吗？
找到那种登录号的链接，但是找不到我的序列，
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太阳出来，星星要走。
4楼2013-04-13 11:34:42
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
NCBI里面有个叫mapview，也可以从这里下载
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
5楼2013-04-13 15:54:26
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ningxi123456

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
昺昺: 金币+6, ★有帮助 2013-04-30 15:07:51
顶，很有用，我也想了解下
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6楼2013-04-30 15:07:06
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