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Zr891002

金虫 (小有名气)

[求助] 水分子的分子动力学模拟中水分子跑出盒子 已有1人参与

用discover做水分子的分子动力学模拟

1. AC建模1000h2o分子
2.能量最小化
3.用discover跑分子动力学,NPT做的!

为什么水分子会跑出盒子? 老师说跑出盒子就是没有使用周期性边界。但是AC建模不就是周期性边界吗?

而且我的模拟 分子的运动不是很明显。 我的水分子是用的compass力场,是不是力场有问题?  

大神们求教啊!~~愁死我啦!~~~~~~~~~~~
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klaus1987

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-04-06 09:11:25
ac做的就是有盒子的,你看到分子外面的方框就是。
跑出盒子是正常的,盒子是周期性的,假设一个水分子从左边出去了,周期性就表示右边盒子里的一个水分子从对称的位置进来了,最后每个盒子里的水分子数量仍然恒定,只不过那个进来的水分子未显示而已。
4楼2013-04-03 10:58:33
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普通回帖

Zr891002

金虫 (小有名气)

大神们,帮忙啊!~~
加油,一定能成功
2楼2013-04-02 20:48:59
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yangwenbin99

铜虫 (小有名气)

我的也是同样问题,共同等待解答
3楼2013-04-03 08:32:55
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Zr891002

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by klaus1987 at 2013-04-03 10:58:33
ac做的就是有盒子的,你看到分子外面的方框就是。
跑出盒子是正常的,盒子是周期性的,假设一个水分子从左边出去了,周期性就表示右边盒子里的一个水分子从对称的位置进来了,最后每个盒子里的水分子数量仍然恒定, ...

你确定? 我也是这么理解的,但是有个老师说分子跑出盒子 肯定是不对的! 他不用ms!他也只是表达一下他的观点!我也很郁闷,因为做出来的结果也不正确,所以正在找问题所在!
加油,一定能成功
5楼2013-04-03 12:39:19
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
5楼: Originally posted by Zr891002 at 2013-04-03 12:39:19
你确定? 我也是这么理解的,但是有个老师说分子跑出盒子 肯定是不对的! 他不用ms!他也只是表达一下他的观点!我也很郁闷,因为做出来的结果也不正确,所以正在找问题所在!...


同意4L,只是另一边不显示
右键选择display style,有选项可以只显示盒子里面的,到时候拿这个图给他看就好反正老师不懂,他要什么给什么
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
6楼2013-04-03 15:22:58
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Zr891002

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by pigrass at 2013-04-03 15:22:58

同意4L,只是另一边不显示
右键选择display style,有选项可以只显示盒子里面的,到时候拿这个图给他看就好反正老师不懂,他要什么给什么...

。。。他虽然不做MS  但是他做分子动力学啊。。。  不是那么好糊弄的。。。

再说我也不是要的incell还是不incell的结果,只是现在做统计出来的结果与实验值差太多,在找原因。。
加油,一定能成功
7楼2013-04-03 16:32:48
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Zr891002

金虫 (小有名气)

help!~~~~
加油,一定能成功
8楼2013-04-05 12:58:10
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klaus1987

铜虫 (小有名气)

关于跑到盒子外面的问题,我坚持我的意见。
“和试验值差太多”,好像分子模拟就没见过很精确的,要不你考虑考虑温度啊压力等的条件。如果实在不行可以放松一些不重要的条件,只要保证关键的体系、分子相符,把条件调整一下使得结果和试验一致。
我感觉很多时候都是模拟能和试验符合就发文章,不能符合就直接换课题。
9楼2013-04-06 16:23:16
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)

你好,我也遇到这样的问题,是什么原因呀
逆风奔跑。
10楼2014-07-21 15:20:36
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