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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 水分子的分子动力学模拟中水分子跑出盒子
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Zr891002

金虫 (小有名气)

[求助] 水分子的分子动力学模拟中水分子跑出盒子 已有1人参与

用discover做水分子的分子动力学模拟

1. AC建模1000h2o分子
2.能量最小化
3.用discover跑分子动力学，NPT做的！

为什么水分子会跑出盒子？ 老师说跑出盒子就是没有使用周期性边界。但是AC建模不就是周期性边界吗？

而且我的模拟 分子的运动不是很明显。 我的水分子是用的compass力场，是不是力场有问题？  

大神们求教啊！~~愁死我啦！~~~~~~~~~~~
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加油，一定能成功
1楼 2013-04-02 13:12:16
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Zr891002

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by klaus1987 at 2013-04-03 10:58:33
ac做的就是有盒子的，你看到分子外面的方框就是。
跑出盒子是正常的，盒子是周期性的，假设一个水分子从左边出去了，周期性就表示右边盒子里的一个水分子从对称的位置进来了，最后每个盒子里的水分子数量仍然恒定， ...

你确定？ 我也是这么理解的，但是有个老师说分子跑出盒子 肯定是不对的！ 他不用ms！他也只是表达一下他的观点！我也很郁闷，因为做出来的结果也不正确，所以正在找问题所在！
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加油，一定能成功
5楼2013-04-03 12:39:19
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Zr891002

金虫 (小有名气)
大神们，帮忙啊！~~
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加油，一定能成功
2楼2013-04-02 20:48:59
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yangwenbin99

铜虫 (小有名气)
我的也是同样问题，共同等待解答
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-03 08:32:55
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klaus1987

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-04-06 09:11:25
ac做的就是有盒子的，你看到分子外面的方框就是。
跑出盒子是正常的，盒子是周期性的，假设一个水分子从左边出去了，周期性就表示右边盒子里的一个水分子从对称的位置进来了，最后每个盒子里的水分子数量仍然恒定，只不过那个进来的水分子未显示而已。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2013-04-03 10:58:33
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