24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

Zr891002

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 863.6
帖子: 101
在线: 36小时
虫号: 1438288
注册: 2011-10-12
性别: GG
专业: 微/纳机械系统

[求助] 水分子的分子动力学模拟中水分子跑出盒子已有1人参与

用discover做水分子的分子动力学模拟

1. AC建模1000h2o分子
2.能量最小化
3.用discover跑分子动力学，NPT做的！

为什么水分子会跑出盒子？老师说跑出盒子就是没有使用周期性边界。但是AC建模不就是周期性边界吗？

而且我的模拟分子的运动不是很明显。我的水分子是用的compass力场，是不是力场有问题？

大神们求教啊！~~愁死我啦！~~~~~~~~~~~

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

xuexijisuan

» 猜你喜欢

真诚求助：手里的省社科项目结项要求主持人一篇中文核心，有什么渠道能发核心吗已经有8人回复
寻求一种能扛住强氧化性腐蚀性的容器密封件已经有5人回复
论文投稿，期刊推荐已经有6人回复
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。已经有4人回复
孩子确诊有中度注意力缺陷已经有14人回复
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢已经有5人回复
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗已经有5人回复
2025冷门绝学什么时候出结果已经有3人回复
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入已经有4人回复
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生已经有6人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

晶体结构中有水分子分子对接完了怎么加水进去已经有7人回复
分子动力学模拟 H2O2水溶液初始结构搭建已经有4人回复
gromacs跑动力学时，水分子的影响已经有3人回复
MS建盒子，放入溶质，如何再空隙处添加水分子？已经有9人回复
MS模拟中能不能进行一些简单的化学变化？已经有7人回复
MS模拟体系中水分子数目应该怎样设置？已经有9人回复
杨学明、袁开军—水分子光解动力学研究（理论与实验的完美匹配）已经有148人回复
水分子偶极方向已经有3人回复
水分子建模方法已经有6人回复
关于3个水分子的粗粒化已经有13人回复
怎么能用量子化学计算含氮杂环芳香化合物与水分子的相互作用已经有17人回复
VMD 统计某个分子周围水分子数目随时间的变化已经有9人回复
中科院高能物理研究所-招联合培养学生及博士后已经有3人回复
如何判断加多少个水分子？？？已经有3人回复
请教做MD计算时，蛋白质分子有一部分跑出水盒子已经有9人回复
请问该如何放置水分子的位置已经有11人回复
水中水分子与水分子之间的氢键键长已经有5人回复
【求助】MS如何实现水分子与SiO2反应的分子动力学模拟过程（想得到Si-OH键）？已经有21人回复
【讨论】水分子的两个HT原子之间不应该成键已经有8人回复
【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起已经有8人回复
【讨论】碳纳米管中的水分子已经有4人回复
水分子的配位数到底是几？已经有5人回复
【求助】MS中动力学之后水分子个数问题已经有5人回复
[求助]分子动力学模拟水分子通过SWCNT 已经有3人回复

加油，一定能成功

1楼2013-04-02 13:12:16

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

Zr891002

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 863.6
帖子: 101
在线: 36小时
虫号: 1438288
注册: 2011-10-12
性别: GG
专业: 微/纳机械系统

引用回帖:

4楼: Originally posted by klaus1987 at 2013-04-03 10:58:33
ac做的就是有盒子的，你看到分子外面的方框就是。
跑出盒子是正常的，盒子是周期性的，假设一个水分子从左边出去了，周期性就表示右边盒子里的一个水分子从对称的位置进来了，最后每个盒子里的水分子数量仍然恒定， ...

你确定？我也是这么理解的，但是有个老师说分子跑出盒子肯定是不对的！他不用ms！他也只是表达一下他的观点！我也很郁闷，因为做出来的结果也不正确，所以正在找问题所在！