应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 水分子的分子动力学模拟中水分子跑出盒子
51/1返回列表
查看: 4120  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

Zr891002

金虫 (小有名气)

[求助] 水分子的分子动力学模拟中水分子跑出盒子 已有1人参与

用discover做水分子的分子动力学模拟

1. AC建模1000h2o分子
2.能量最小化
3.用discover跑分子动力学，NPT做的！

为什么水分子会跑出盒子？ 老师说跑出盒子就是没有使用周期性边界。但是AC建模不就是周期性边界吗？

而且我的模拟 分子的运动不是很明显。 我的水分子是用的compass力场，是不是力场有问题？  

大神们求教啊！~~愁死我啦！~~~~~~~~~~~
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

xuexijisuan

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
加油，一定能成功
1楼 2013-04-02 13:12:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangwenbin99

铜虫 (小有名气)
我的也是同样问题，共同等待解答
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-03 08:32:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

Zr891002

金虫 (小有名气)
大神们，帮忙啊！~~
回复此楼
加油，一定能成功
2楼2013-04-02 20:48:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

klaus1987

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-04-06 09:11:25
ac做的就是有盒子的，你看到分子外面的方框就是。
跑出盒子是正常的，盒子是周期性的，假设一个水分子从左边出去了，周期性就表示右边盒子里的一个水分子从对称的位置进来了，最后每个盒子里的水分子数量仍然恒定，只不过那个进来的水分子未显示而已。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2013-04-03 10:58:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Zr891002

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by klaus1987 at 2013-04-03 10:58:33
ac做的就是有盒子的，你看到分子外面的方框就是。
跑出盒子是正常的，盒子是周期性的，假设一个水分子从左边出去了，周期性就表示右边盒子里的一个水分子从对称的位置进来了，最后每个盒子里的水分子数量仍然恒定， ...

你确定？ 我也是这么理解的，但是有个老师说分子跑出盒子 肯定是不对的！ 他不用ms！他也只是表达一下他的观点！我也很郁闷，因为做出来的结果也不正确，所以正在找问题所在！
赞一下 回复此楼
加油，一定能成功
5楼2013-04-03 12:39:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 4/200 2026-11-10 12:52 by C6CRn66RYYXS
[考博] 申请环境，微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 4/200 2026-11-10 12:19 by C6CRn66RYYXS
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 4/200 2026-11-10 11:46 by YHiw1gou1Eda
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 5/250 2026-11-10 09:23 by 1yv6QACPoY1E
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 3/150 2026-11-10 01:40 by FChKX8meu1ds
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 4/200 2026-11-10 01:29 by FChKX8meu1ds
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 12/600 2026-11-09 13:26 by Equinoxhua
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 15/750 2026-11-09 13:19 by Equinoxhua
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 15/750 2026-11-09 11:41 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 10/500 2026-11-09 08:00 by IhnEQauGmT3K
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 12/600 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 14/700 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 16/800 2026-11-06 05:00 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 02:04 by qL1cU46YIdK0
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭