应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 水分子的分子动力学模拟中水分子跑出盒子
51/1返回列表
查看: 3381  |  回复: 10
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

Zr891002

金虫 (小有名气)

[求助] 水分子的分子动力学模拟中水分子跑出盒子已有1人参与

用discover做水分子的分子动力学模拟

1. AC建模1000h2o分子
2.能量最小化
3.用discover跑分子动力学，NPT做的！

为什么水分子会跑出盒子？ 老师说跑出盒子就是没有使用周期性边界。但是AC建模不就是周期性边界吗？

而且我的模拟 分子的运动不是很明显。 我的水分子是用的compass力场，是不是力场有问题？  

大神们求教啊！~~愁死我啦！~~~~~~~~~~~
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

xuexijisuan

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
加油，一定能成功
1楼2013-04-02 13:12:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

klaus1987

铜虫 (小有名气)
关于跑到盒子外面的问题，我坚持我的意见。
“和试验值差太多”，好像分子模拟就没见过很精确的，要不你考虑考虑温度啊压力等的条件。如果实在不行可以放松一些不重要的条件，只要保证关键的体系、分子相符，把条件调整一下使得结果和试验一致。
我感觉很多时候都是模拟能和试验符合就发文章，不能符合就直接换课题。
赞一下 回复此楼
9楼2013-04-06 16:23:16
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

Zr891002

金虫 (小有名气)
大神们，帮忙啊！~~
回复此楼
加油，一定能成功
2楼2013-04-02 20:48:59
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangwenbin99

铜虫 (小有名气)
我的也是同样问题，共同等待解答
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-03 08:32:55
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

klaus1987

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-04-06 09:11:25
ac做的就是有盒子的，你看到分子外面的方框就是。
跑出盒子是正常的，盒子是周期性的，假设一个水分子从左边出去了，周期性就表示右边盒子里的一个水分子从对称的位置进来了，最后每个盒子里的水分子数量仍然恒定，只不过那个进来的水分子未显示而已。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2013-04-03 10:58:33
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭