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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助~引物设计问题
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xjtu0025

新虫 (小有名气)

[求助] 求助~引物设计问题

我的目标基因是1011个碱基，设计引物是不是要把前后的碱基全部都拷贝进去软件。然后看在前后基因中能不能找到一对引物合适。目的基因开头那块错配率太高了。。
我倒是不用全部都克隆进去，取其中一段做抗体的就可以了。

我用prime premier5设计，设计出来的都是能克隆目的基因的一段。我想问如果我要全部的话，又要前后加上酶切位点保护碱基，我要怎么设计？

谢谢！！！
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1楼 2013-02-22 14:14:31
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回帖置顶 ( 共有1个 )

majily

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

amisking: 回帖置顶 2013-02-22 18:52:39
一般情况不用管序列内部结构的 只要引物不出现这些问题就还好 置于酶切位点你可以是你自己课题情况在前后加或者选择一个加都可以 没什么影响 到时候看看引物二聚体什么的 你设计完软件会自动评价你的引物设计情况 如果有很多问题（我记得perimer5好像是红色字体标记的就是不理想状况）的话你前后调整一下 稍微多加长或减短一下序列就可以了 如果是特异性的引物 无法更改位置 那也没事 就那样就好
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既然选择了远方就要在风雨中飞翔
4楼2013-02-22 17:20:33
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majily

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励发帖交流问题。 2013-02-22 18:52:30
用你的设计引物的软件把整个序列全部添加到软见中，设计上下游引物 每条引物大约30个左右就好 酶切位点加载上游引物的前端 再前端加保护性碱基 注意别移码 或者加载下游引物的后端 再后端加保护性碱基
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既然选择了远方就要在风雨中飞翔
2楼2013-02-22 14:26:15
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xjtu0025

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by majily at 2013-02-22 14:26:15
用你的设计引物的软件把整个序列全部添加到软见中，设计上下游引物 每条引物大约30个左右就好 酶切位点加载上游引物的前端 再前端加保护性碱基 注意别移码 或者加载下游引物的后端 再后端加保护性碱基

也就是说不用管那个颈环，错配之类的。就从目的基因前选20个碱基，再在前面加酶切位点，再加3个保护碱基。就好了对么？
酶切位点不是应该两头都加么？
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3楼2013-02-22 14:29:58
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