应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 引物设计 求助
91/1返回列表
查看: 1351  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zhlf1989513

金虫 (小有名气)

[求助] 引物设计 求助

我的基因是个假基因，pubmed上名为CYP4Z2P，我想P一下它的ＣＤＳ区，谁能帮我设计一下引物，我设计了很多对引物试了很多次都不成功，甚是郁闷！！！
ＣＤＳ去序列为：
４atggagc cctcctggct tcaggaactc atggctcacc ccttcttgct gctgatcctc
61  ctctgcatgt ctctgctgct gtttcaggta atcaggttgt accagaggag gagatggacg
121 atcagagcca tgcacctgtt tcctgcaccc cctgcgcact ggttctatgg ccacaaggag
181 tcttacccag taaaagagtt tgaggtgtat cctgagctga tggaaaaata cccatgtgcc
241 gttcccttgt gggttggacc ctttacgatg ttcttcaata tccatgaccc agactatgtc
301 aagattctcc tgaaaagaca agatcccaaa agtgctgtta gccacaaaat ccttgaatcc
361 tgggttggtc gaggacttgt gaccctggat ggttctaaat ggaaaaagca ccgccagatt
421 gtgaaacctg gcttcaacat cagcattctg aaaatattca tcaccatgat gtctaagagt
481 gttcggatga tgctgaacaa atgggaggaa cacattgccc aaaactcacg tctggagctc
541 tttcaacatg tctccctgat gaccctggac agcatcatga agtgtgcctt cagccaccag
601 ggcagcatcc agttggacag taccctggac tcatacctga aagcagtgtt caaccttagc
661 aaaatctcca accagcgcat gaacaatttt ctacatcaca acgacctggt tttcaaattc
721 agctctcaag gccaaatctt ttctaaattt aaccaagaac ttcatcagtt cacagagaaa
781 gtaatccagg accggaagga gtctcttaag gataagctaa aacaagatac tactcagaaa
841 agacgccagg attttctgga catacttttg agtgccaaaa gtgaaaacac caaagacttc
901 tctgaagcag atctccaagc tgaagtgaaa acgttcatgt ttgcaggaca tgacaccaca
961 actactgcta tctcctggat cttttactgc ttggcaaagt accctgagca tcagcagaga
1021 tgctg

[ Last edited by 1949stone on 2012-10-8 at 07:30 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
keepon
1楼 2012-10-07 14:28:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ysn5048

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-07 17:26:09
楼主用什么作为模板的，是否可以肯定模板没有问题呢
另外，这段CDS序列是固定的话，那么楼主设计的引物其实也就固定了，不用加保护碱基，直接上游引物取原序列前20位左右，下游引物取互补序列后20位左右
赞一下 回复此楼
有时候，一句话，可以改变未来
2楼2012-10-07 14:40:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天空2011

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-28 17:46:03
想问一下楼主干什么用？用不用加酶切位点？个人感觉还是5端加三个保护碱基的好，要是用酶切位点的话在5端依次为三个保护碱基+酶切位点
+20bp的碱基序列，3端为后20bp碱基的反向互补序列，在其5端加保护碱基和酶切位点
赞一下 回复此楼
3楼2012-10-07 15:06:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhlf1989513

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ysn5048 at 2012-10-07 14:40:43
楼主用什么作为模板的，是否可以肯定模板没有问题呢
另外，这段CDS序列是固定的话，那么楼主设计的引物其实也就固定了，不用加保护碱基，直接上游引物取原序列前20位左右，下游引物取互补序列后20位左右

对呀，因为我得研究它的功能，所以就像你说那样上下游各取１８到２５位之间的序列就行。用的细胞提取的ＲＮＡ然后逆转录的ｃＤＮＡ为模板呀。。。其实关键是我设计的引物在ＮＣＢＩ里ＢＬＡＳＴ时，不能ＢＬＡＳＴ出来我的目的基因，而是其他的基因。。。因为我这个是假基因，所以和正基因的同源性很高，所以ＢＬＡＳＴ时只能把正基因ＢＬＡＳＴ出来。我的目的基因不能BLAST出来。。郁闷死了。。。
赞一下 回复此楼
keepon
4楼2012-10-07 15:15:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhlf1989513

金虫 (小有名气)
阁下。。。我这个每次BLAST时都不能BLAST出我的目的基因啊。。。我想研究的这个基因是个假基因。。。
赞一下 回复此楼
keepon
5楼2012-10-07 15:17:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ysn5048

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-10-08 14:00:41
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhlf1989513 at 2012-10-07 15:15:39
对呀，因为我得研究它的功能，所以就像你说那样上下游各取１８到２５位之间的序列就行。用的细胞提取的ＲＮＡ然后逆转录的ｃＤＮＡ为模板呀。。。其实关键是我设计的引物在ＮＣＢＩ里ＢＬＡＳＴ时，不能ＢＬＡＳＴ ...

哦，楼主的意思是你在一楼提供的CDS是所谓的正基因，而你想从模板中P出来的是假基因了，而你的假基因通过BLAST跟这个正基因同源性最高。如此看来的话通过楼主提供的CDS是不容易P出目的基因的，因为目的基因很可能在前段跟末端都与正基因有出入。个人认为，楼主首先要确认模板中是否一定含有目的基因，其次就是根据目的基因的保守序列设计简并引物进行PCR。
赞一下 回复此楼
有时候，一句话，可以改变未来
6楼2012-10-08 00:16:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhlf1989513

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ysn5048 at 2012-10-08 00:16:15
哦，楼主的意思是你在一楼提供的CDS是所谓的正基因，而你想从模板中P出来的是假基因了，而你的假基因通过BLAST跟这个正基因同源性最高。如此看来的话通过楼主提供的CDS是不容易P出目的基因的，因为目的基因很可能在 ...

我提供的假基因的CDS区。。。它和正基因的同源性高达96%，可是我研究它的功能就必须P它的CDS区呀，对吧？仁兄有什么好的建议吗？我是不是进入一个死胡同了呢？
赞一下 回复此楼
keepon
7楼2012-10-08 08:20:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

review

银虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ysn5048 at 2012-10-07 14:40:43
楼主用什么作为模板的，是否可以肯定模板没有问题呢
另外，这段CDS序列是固定的话，那么楼主设计的引物其实也就固定了，不用加保护碱基，直接上游引物取原序列前20位左右，下游引物取互补序列后20位左右

序列是固定的。那取上游引物取原序列前20位左右？不是从第一个碱基开始吗  如原始序列：tatca........   ，加入从第二个碱基a开始   那会不会漏了前面tatc？那批出来还是全的吗    我是初学者  来学习的  请指教啊
赞一下 回复此楼
交流
8楼2012-10-25 17:15:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ysn5048

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-28 17:46:35
引用回帖:
8楼: Originally posted by review at 2012-10-25 17:15:47
序列是固定的。那取上游引物取原序列前20位左右？不是从第一个碱基开始吗  如原始序列：tatca........   ，加入从第二个碱基a开始   那会不会漏了前面tatc？那批出来还是全的吗    我是初学者  来学习的  请指教啊...

如果楼主从第二个碱基a开始，那么意思是引物应该是atca...，请放心，是不是漏了前面楼主说的tatc的，因为楼主设计的引物包括了tatc中的atc。还有就是一般开放读码框开始都是ATG，起始密码子
赞一下 回复此楼
有时候，一句话，可以改变未来
9楼2012-10-28 12:25:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhlf1989513 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +15 爱看书的可乐 2026-08-26 17/850 2026-08-27 02:26 by xxniao123
[基金申请] 基金不中，共勉 +5 eulota 2026-08-26 5/250 2026-08-26 23:33 by young90
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 系统查不到 +10 董八千 2026-08-26 10/500 2026-08-26 16:30 by Equinoxhua
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 科研孤儿太难了 +21 我4大白菜 2026-08-20 22/1100 2026-08-26 11:29 by nlgza
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[职场人生] 学生撞见辅导员送外卖，第二天全班都沉默了 +3 鲸鱼融金_浙江_� 2026-08-22 3/150 2026-08-26 09:01 by zzuzxg
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 22/1100 2026-08-25 15:36 by 医学老男孩
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭