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weining1203

新虫 (小有名气)

[求助] 胶回收后再次pcr无目的条带,急,望神人指点。。。 已有1人参与

由于有杂带,将目的带胶回收后,进行二次pcr,将模板稀释100倍和1000倍,还是p不出,退货温度为梯度,求大神指点。。。第二张图片中弥散条带比较长的为没有稀释模板的,左边的为模板稀释1000倍的,稀释100倍的和1000倍的pcr图基本一样,不再上传了。。。两次pcr条件一致。。。图和说明在下面

第一次pcr图,目的带860bp左右,但有杂带



二次pcr图,左边的为模板稀释1000倍的,右边的模板没有稀释
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小白虾

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你在胶回收洗脱时,用的是试剂盒自带的洗脱液吗?假如是的话就P不出来,我一般都是用灭菌的蒸馏水洗脱。
飞的更高
4楼2012-05-14 09:34:30
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xixiyx

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
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西瓜: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-14 18:48:20
二次PCR突变较多,做基因克隆的话,不建议二次PCR。稀释100倍,1000倍的话离子浓度应该已经不会有影响了,可能是浓度太低了。建议回收后用ddH2O溶解,取1ul做模板就OK了。

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7楼2012-05-14 15:26:45
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普通回帖

legend0463

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-14 13:40:08
如果你直接把第一块胶的目的片段回收的话,那应该是量太少了。用40-50微升PCR产物跑胶,再回收。然后可以把多条切下的胶混合,增加产物浓度。因为过柱的胶纯化本身会造成很多损失,所以要把其实的浓度加大。

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2楼2012-05-13 22:49:11
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weining1203

新虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by legend0463 at 2012-05-13 22:49:11:
如果你直接把第一块胶的目的片段回收的话,那应该是量太少了。用40-50微升PCR产物跑胶,再回收。然后可以把多条切下的胶混合,增加产物浓度。因为过柱的胶纯化本身会造成很多损失,所以要把其实的浓度加大。

谢谢您的回复,胶回收后电泳看了一下回收效果,有一条非常微弱的目的条带。是不是胶回收中的一些试剂抑制了二次pcr啊?还有再请教您一下,胶回收可不可以直接克隆测序,不进行二次pcr?
3楼2012-05-14 09:28:20
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xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-14 13:40:21
首先,第一次PCR产物,你是回收了哪一条?胶回收了能看到目的条带,第二次做不出来,很有可能这不是你要的条带。要不你就把第一次回收的坐一下连接,转到大肠杆菌去测序吧,我们以前PCR条带很弱的情况都连接测序过,没有问题的,但个人觉得,连纯化的产物也跑不出条带,菌液PCR估计很难吧。PCR产物可以去测序的,但是一般前面一部分不太准,而且浓度和量都有要求的。
5楼2012-05-14 09:37:39
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hyacinth326

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-14 13:40:29
二次pcr扩增不出条带来挺正常的,这与引物的结合效率有关,当然也可能是elution buffer中的离子抑制了pcr反应,建议用无菌水洗脱,还有,最好是优化一下pcr条件,一次多p几管,多回收,避免二次pcr
6楼2012-05-14 09:40:37
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牧歌ping

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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小丹木木: 金币+2, 鼓励交流经验 2012-06-15 13:49:11
你切胶回收是切几个带呀?我们一般是25ulPCR产物全电泳,两个带合一用试剂盒回收溶20~25ul,然后直接电泳都能看到条带的。所以,你的首要问题就是回收有问题,可能回收产物浓度太低。其次,你回收产物的浓度肯定不如原模板的浓度,最好不要再稀释,倒是可以做个不同模板量的梯度PCR

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8楼2012-05-14 20:46:11
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weining1203

新虫 (小有名气)

谢谢大家的回复,我切胶回收后用的试剂盒自带的洗脱液收集的,没用灭菌的dd水,回收后取了5ul跑了一下电泳,可以看到微弱的目的条带,现在怀疑是不是那个带不是我的目的条带,而且进行二次pcr的时候模板没有稀释和稀释100倍和1000倍的都试过了,就是p不出来,真郁闷
9楼2012-05-15 10:11:54
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weining1203

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 小白虾 at 2012-05-14 09:34:30:
你在胶回收洗脱时,用的是试剂盒自带的洗脱液吗?假如是的话就P不出来,我一般都是用灭菌的蒸馏水洗脱。

谢谢您的回复,那您回收后用灭菌的蒸馏水洗脱的话进行二次pcr的时候模板还用稀释吗?我用的自带的洗脱液洗脱的,但已经稀释了100-1000倍了。
10楼2012-05-15 10:14:06
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