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ygbxk铁杆木虫 (正式写手)
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[求助]
DGGE系统发育树问题
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小弟刚做了个DGGE，割胶测序后，现在想做一个简单的发育树。结果发现总是有几个不同纲的菌跑到一起，或者同一个纲的菌不在一起，这是什么原因？大家一般是怎么处理的啊？因为我看到人家的文章上，都是同一个纲的菌能做在一起，而我的有时候怎么也不再一起。比如说1，2，3号条带是贝塔类的变形菌，应该在发育树上可以做到一枝上，但是我的1，2号在一起，3号和1，2号之间可能有个伽玛类的变形菌。这样怎么处理啊？ 另外，DGGE是不是片段太短，所以才容易导致上述情况出现？我又做了几个克隆文库，是不是 就完全没有必要做DGGE的系统发育了？因为上次做了个DGGE，审稿人说没做发育树信息不完全，不够明确。不是这个专业的，初学，新手哦，很纠结啊。说了这么多不知道说明白没有。 |
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