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sunmoods

金虫 (小有名气)

[求助] 求分析PCR电泳图

细菌16SrDNA  V3区  带GC夹子PCR
94             50S
55             30S
72              30S
25循环
条带拖尾，不知道什么原因，怎么优化，求助

循环30次的时候 空白条带很明显
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1楼 2011-12-06 09:25:21
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回帖置顶 ( 共有2个 )

叮叮0504

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

sunmoods: 回帖置顶 2011-12-07 10:37:08
出现拖尾很有可能是你的模板降解了，
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8楼2011-12-07 08:58:05
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syn1985

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5, MolEPI+1): Good！ 2011-12-08 18:44:42
你条带拖尾的可能性很多：
1：模板弄度大了，需调整
2：退火温度太低，提高退火温度
3：GC含量高可在PCR反应体系中选用GC buffer 同时加用5%浓度的DMSO，DMSO可帮助解螺旋
4：预变性时间稍长不会影响PCR结果
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14楼2011-12-07 20:59:51
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普通回帖

Icityman

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

wanhscn: 非应助回帖！ 2011-12-06 14:54:21
我跑的图也是这样，我也想找原因，希望高手帮你解决把
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2楼2011-12-06 10:01:09
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翰章

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
sunmoods(金币+2): 2011-12-07 10:36:10
西瓜(金币+1): 鼓励应助 2011-12-08 18:40:29
体系中加入一些BSA试试，电泳的时候最好是有marker对照
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3楼2011-12-06 17:24:42
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翰章

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
sunmoods(金币+8): 1 2011-12-07 10:36:20
西瓜(金币+1): Good 2011-12-08 18:40:34
还有，94℃ 50S有点长，改为30S试试，因为V3区的目的片段大概是200左右吧
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4楼2011-12-06 17:26:00
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sunmoods

金虫 (小有名气)
是的，但是考虑有GC夹子  所以想延长点变性时间。
我试试30S
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5楼2011-12-06 18:07:26
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sagi_qh

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
西瓜(金币+2): Good！ 2011-12-06 22:55:57
跑PCR产物电泳怎么着也得点个marker吧。。。。
像楼上的一样建议，加BSA试试看，另外PCR可以用touch down试试看，效果应该比你这个要好
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6楼2011-12-06 22:19:00
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叮叮0504

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你们实验室一直用的是这个程序吗？我们做细菌的DGGE一般都是用TOUCHDOWN程序或者你可以选择做V6区，V6区引物特异性强于V3区。
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7楼2011-12-07 08:52:28
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julietguo

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
西瓜(金币+1): good 2011-12-08 18:42:43
我觉得可能是你加的酶量过多，或者退火温度有点低了
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9楼2011-12-07 09:34:46
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sunmoods

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 叮叮0504 at 2011-12-07 08:58:05:
出现拖尾很有可能是你的模板降解了，

这还真有可能，我保存液是用水溶解的
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10楼2011-12-07 10:42:04
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