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求分析PCR电泳图
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sunmoods
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求助
]
求分析PCR电泳图
细菌16SrDNA V3区 带GC夹子PCR
94 50S
55 30S
72 30S
25循环
条带拖尾,不知道什么原因,怎么优化,求助
循环30次的时候 空白条带很明显
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1楼
2011-12-06 09:25:21
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叮叮0504
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sunmoods: 回帖置顶 2011-12-07 10:37:08
出现拖尾很有可能是你的模板降解了,
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8楼
2011-12-07 08:58:05
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syn1985
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【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5, MolEPI+1): Good! 2011-12-08 18:44:42
你条带拖尾的可能性很多:
1:模板弄度大了,需调整
2:退火温度太低,提高退火温度
3:GC含量高可在PCR反应体系中选用GC buffer 同时加用5%浓度的DMSO,DMSO可帮助解螺旋
4:预变性时间稍长不会影响PCR结果
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14楼
2011-12-07 20:59:51
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Icityman
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【答案】应助回帖
wanhscn: 非应助回帖! 2011-12-06 14:54:21
我跑的图也是这样,我也想找原因,希望高手帮你解决把
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2011-12-06 10:01:09
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翰章
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★
sunmoods(金币+2): 2011-12-07 10:36:10
西瓜(金币+1): 鼓励应助 2011-12-08 18:40:29
体系中加入一些BSA试试,电泳的时候最好是有marker对照
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3楼
2011-12-06 17:24:42
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翰章
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【答案】应助回帖
★
sunmoods(金币+8): 1 2011-12-07 10:36:20
西瓜(金币+1): Good 2011-12-08 18:40:34
还有,94℃ 50S有点长,改为30S试试,因为V3区的目的片段大概是200左右吧
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4楼
2011-12-06 17:26:00
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sunmoods
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是的,但是考虑有GC夹子 所以想延长点变性时间。
我试试30S
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2011-12-06 18:07:26
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sagi_qh
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★ ★
西瓜(金币+2): Good! 2011-12-06 22:55:57
跑PCR产物电泳怎么着也得点个marker吧。。。。
像楼上的一样建议,加BSA试试看,另外PCR可以用touch down试试看,效果应该比你这个要好
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6楼
2011-12-06 22:19:00
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叮叮0504
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【答案】应助回帖
你们实验室一直用的是这个程序吗?我们做细菌的DGGE一般都是用TOUCHDOWN程序或者你可以选择做V6区,V6区引物特异性强于V3区。
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7楼
2011-12-07 08:52:28
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julietguo
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西瓜(金币+1): good 2011-12-08 18:42:43
我觉得可能是你加的酶量过多,或者退火温度有点低了
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9楼
2011-12-07 09:34:46
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sunmoods
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引用回帖:
8楼
:
Originally posted by
叮叮0504
at 2011-12-07 08:58:05:
出现拖尾很有可能是你的模板降解了,
这还真有可能,我保存液是用水溶解的
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10楼
2011-12-07 10:42:04
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