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sunmoods

金虫 (小有名气)

[求助] 求分析PCR电泳图

细菌16SrDNA  V3区  带GC夹子PCR
94             50S
55             30S
72              30S
25循环
条带拖尾,不知道什么原因,怎么优化,求助

循环30次的时候 空白条带很明显



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Icityman

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

wanhscn: 非应助回帖! 2011-12-06 14:54:21
我跑的图也是这样,我也想找原因,希望高手帮你解决把
2楼2011-12-06 10:01:09
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翰章

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


sunmoods(金币+2): 2011-12-07 10:36:10
西瓜(金币+1): 鼓励应助 2011-12-08 18:40:29
体系中加入一些BSA试试,电泳的时候最好是有marker对照
3楼2011-12-06 17:24:42
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翰章

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


sunmoods(金币+8): 1 2011-12-07 10:36:20
西瓜(金币+1): Good 2011-12-08 18:40:34
还有,94℃ 50S有点长,改为30S试试,因为V3区的目的片段大概是200左右吧
4楼2011-12-06 17:26:00
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sunmoods

金虫 (小有名气)

是的,但是考虑有GC夹子  所以想延长点变性时间。
我试试30S
5楼2011-12-06 18:07:26
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sagi_qh

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
西瓜(金币+2): Good! 2011-12-06 22:55:57
跑PCR产物电泳怎么着也得点个marker吧。。。。
像楼上的一样建议,加BSA试试看,另外PCR可以用touch down试试看,效果应该比你这个要好
6楼2011-12-06 22:19:00
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叮叮0504

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你们实验室一直用的是这个程序吗?我们做细菌的DGGE一般都是用TOUCHDOWN程序或者你可以选择做V6区,V6区引物特异性强于V3区。
7楼2011-12-07 08:52:28
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叮叮0504

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

sunmoods: 回帖置顶 2011-12-07 10:37:08
出现拖尾很有可能是你的模板降解了,
8楼2011-12-07 08:58:05
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julietguo

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


西瓜(金币+1): good 2011-12-08 18:42:43
我觉得可能是你加的酶量过多,或者退火温度有点低了
9楼2011-12-07 09:34:46
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sunmoods

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 叮叮0504 at 2011-12-07 08:58:05:
出现拖尾很有可能是你的模板降解了,

这还真有可能,我保存液是用水溶解的
10楼2011-12-07 10:42:04
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