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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 分子模拟时间越长越好吗？
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奋斗1s

金虫 (正式写手)

[交流] 分子模拟时间越长越好吗？

如题，在对蛋白质做分子动力学模拟的时候，我用Gromacs先进行了3ns的MD运算，然后又进行了2ns，对接结果发现后者不如前者，但通过蛋白质评价发现后者的各项指标要好一些，请各位高手讨论一下MD多长时间比较好呢？
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1楼2011-06-30 16:00:04
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dubo

金虫 (著名写手)
★
奋斗1s(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-06-30 17:08:06:
“对接结果发现后者不如前者”

如何判断结果的好与坏呢？难道模拟的结果是我们主观预期的就是好的，否则就不是好的？

比如说你从两个不同的初始构象出发，运行相同时间的MD，一个观测到对接，而另一个没 ...

非常同意，您的观点

实验的结果不应当主观的认为，或猜测。必须用各个参数表现出来。出现所谓的“坏得、不好的”结果，也不要放弃，也说不定有新的发现。

前段时间我调相结构的时候跟你一样。一看不行，或不好看，就把结果放弃掉了，如果能仔细分析每一个结果，都会有很大发现了。

唉，我们做模拟的，数据都一大堆，关键就是分析数据啊！这才是最重要的！！（我这方面的意志力，也不行，也要加强了，呵呵）

以上是我的观点，大家借鉴。另外，原理上，模拟时间越长越好
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35楼2011-07-07 10:15:33
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dubo

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-01 02:24:58:
平衡态模拟的时间长度取决于所感兴趣的性质的弛豫周期。获得感兴趣性质的的统计平均值，需要在不同的弛豫周期采样3-10次。比如，键的振动，振动一次10fs算一个周期，你需要采样至少50fs。分子扩散的数量级在ns，中 ...

键的振动，振动一次10fs算一个周期？？
所有的键都这样吗？
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36楼2011-07-07 10:19:18
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