版块导航
正在加载中...
客户端APP下载
论文辅导
申博辅导
登录
注册
帖子
帖子
用户
本版
应《网络安全法》要求,自2017年10月1日起,未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用,请尽快对帐号进行手机号验证,感谢您的理解与支持!
24小时热门版块排行榜
>
论坛更新日志
(616)
>
虫友互识
(53)
>
硕博家园
(34)
>
导师招生
(20)
>
考博
(18)
>
文献求助
(9)
>
找工作
(7)
>
考研
(5)
>
论文投稿
(5)
>
论文道贺祈福
(3)
>
教师之家
(3)
>
休闲灌水
(3)
>
海外博后
(2)
>
功能材料
(2)
>
招聘信息布告栏
(2)
>
公派出国
(2)
小木虫论坛-学术科研互动平台
»
计算模拟区
»
分子模拟
»
Gromacs/Amber/NAMD
»
分子模拟时间越长越好吗?
8
1/1
返回列表
查看: 15396 | 回复: 44
查看全部回帖
@他人
存档
新回复提醒
(忽略)
收藏
在APP中查看
本帖产生 9 个 模拟EPI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖
奋斗1s
金虫
(正式写手)
应助: 1
(幼儿园)
金币: 1258.1
帖子: 415
在线: 106.7小时
虫号: 980571
[交流]
分子模拟时间越长越好吗?
如题,在对蛋白质做分子动力学模拟的时候,我用Gromacs先进行了3ns的MD运算,然后又进行了2ns,对接结果发现后者不如前者,但通过蛋白质评价发现后者的各项指标要好一些,请各位高手讨论一下MD多长时间比较好呢?
回复此楼
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
分子模拟
模型 - 模拟 - 统计 - 热力学
MDs-Gromacs
计算
gromacs
蛋白模拟与改造
分子模拟
精华帖转载
分子模拟
PBS作业排队系统
计算化学
分子动力学模拟
» 本帖已获得的红花(最新10朵)
ChemiAndy
» 猜你喜欢
博士读完未来一定会好吗
已经有21人回复
导师想让我从独立一作变成了共一第一
已经有5人回复
到新单位后,换了新的研究方向,没有团队,持续积累2区以上论文,能申请到面上吗
已经有11人回复
读博
已经有4人回复
JMPT 期刊投稿流程
已经有4人回复
心脉受损
已经有5人回复
Springer期刊投稿求助
已经有4人回复
小论文投稿
已经有3人回复
Bioresource Technology期刊,第一次返修的时候被退回好几次了
已经有9人回复
申请2026年博士
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐:
(我也要在这里推广)
高级回复
» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:
对接的分子用于分子动力学模拟的问题
已经有12人回复
分子模拟中MSD的问题讨论
已经有25人回复
扩散系数的计算及体系平衡的判断
已经有4人回复
分子动力学的时间
已经有9人回复
gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能
已经有12人回复
LAMMPS中ReaxFF力场是怎么回事?
已经有17人回复
蛋白质构象模拟
已经有12人回复
关于材料的热力学稳定性 结构稳定性
已经有16人回复
金属功函数的测量方法有几种
已经有5人回复
什么动力学模拟软件可以模拟化学反应过程
已经有13人回复
如何评价误差和变化?
已经有10人回复
做离子液体的分子模拟,用哪个分子模拟的软件好呢?
已经有3人回复
gromacs 中g_msd问题
已经有8人回复
有没有人用Amber做过膜蛋白动力学模拟
已经有14人回复
生测数据的标准差大于平均值,怎么办?
已经有7人回复
AMBER中qm/mm的问题
已经有5人回复
【讨论】分子模拟还是同源建模
已经有16人回复
【求助】msd算法
已经有10人回复
【求助】NAMD和Gromacs哪个简单?
已经有5人回复
【求助】关于用分子动力学来做光谱的问题
已经有14人回复
» 抢金币啦!回帖就可以得到:
查看全部散金贴
广州,征女友
+
1
/92
转录组数据求助
+
1
/83
坐标广州,征女友
+
2
/46
2026申博自荐
+
1
/45
工作一年半了,突然分配到浮选药剂的合成,我想问问浮选药剂是不是夕阳产业了
+
1
/31
校长团队招博士生和博士后
+
1
/31
南京大学自旋全国重团队陆显扬课题组招聘博士后
+
2
/28
中南大学冶金与环境学院陈伟老师招收环境科学与工程2026年博士生1人
+
1
/26
浙江工业大学国家优青朱艺涵团队在固态电池解构与设计方向招收2026年博士生2名
+
1
/22
哈尔滨工业大学招收博士研究生(欢迎环境、生物、市政、农业、化学等专业)长期有效
+
1
/19
今年的函评专家费收到了吗
+
1
/16
南京航空航天大学航天学院黄护林教授课题组博士研究生招生(工程热物理专业)
+
1
/6
新加坡南洋理工大学招聘博士后(固态电池,固体离子导体,转化正极方向)
+
1
/6
国家纳米科学中心鄢勇课题组26年博士招生
+
1
/5
东江实验室招聘~本科及以上可报~急聘!
+
1
/5
招收26年秋季入学博士生(北科大高精尖学院 力学超材料/机器学习/增材制造相关方向)
+
1
/4
北京科技大学/李亚庚教授/优青/招收2026年秋季入学博士生1名
+
1
/3
北理工柔性电子国家杰青团队招【博士后】【科研助理(读博意向)】
+
1
/2
浙江师范大学夏永姚/黄健航教授团队招收2026级博士
+
1
/1
西湖大学李小波课题组诚聘博士后3名(生物学方向)
+
1
/1
1楼
2011-06-30 16:00:04
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
奋斗1s
金虫
(正式写手)
应助: 1
(幼儿园)
金币: 1258.1
帖子: 415
在线: 106.7小时
虫号: 980571
引用回帖:
Originally posted by
yahoohoo
at 2011-06-30 17:08:06:
“对接结果发现后者不如前者”
如何判断结果的好与坏呢?难道模拟的结果是我们主观预期的就是好的,否则就不是好的?
比如说你从两个不同的初始构象出发,运行相同时间的MD,一个观测到对接,而另一个没 ...
我这样做MD相当于第二次以第一次为基础,初始构象确实不同,但我是想要对接结果的,请您指点一二,
赞
一下
回复此楼
13楼
2011-07-01 08:11:47
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
奋斗1s
金虫
(正式写手)
应助: 1
(幼儿园)
金币: 1258.1
帖子: 415
在线: 106.7小时
虫号: 980571
引用回帖:
Originally posted by
ChemiAndy
at 2011-07-01 02:24:58:
平衡态模拟的时间长度取决于所感兴趣的性质的弛豫周期。获得感兴趣性质的的统计平均值,需要在不同的弛豫周期采样3-10次。比如,键的振动,振动一次10fs算一个周期,你需要采样至少50fs。分子扩散的数量级在ns,中 ...
我是模拟方面的新手,有很多地方不懂。您的回帖对我帮组很大,不知可不可以麻烦您给我介绍一下这方面比较实用的书籍或是传给我一些相关的资料呢?邮箱:
xieyunfeng110@yahoo.cn
赞
一下
回复此楼
14楼
2011-07-01 08:27:56
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
奋斗1s
金虫
(正式写手)
应助: 1
(幼儿园)
金币: 1258.1
帖子: 415
在线: 106.7小时
虫号: 980571
引用回帖:
Originally posted by
ChemiAndy
at 2011-07-01 11:23:12:
不知道你说的“实用”是指什么,不过我知道国内出版的书都死气沉沉,就是简单的知识摘抄和堆积。因此我建议你在学习的早期从国外的经典教材入手。
搞计算模拟研究,有3个层次的东西需要分清,即Science上 ...
好的,再次感谢您,它(系统)不让我给您金币了,不过您也不会在乎,呵呵)
赞
一下
回复此楼
18楼
2011-07-01 21:52:35
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
奋斗1s
金虫
(正式写手)
应助: 1
(幼儿园)
金币: 1258.1
帖子: 415
在线: 106.7小时
虫号: 980571
引用回帖:
Originally posted by
hyliao
at 2011-07-01 14:00:59:
模拟的时间可以先大概试一下不同的时间,得到不同时间的情况。如果也达到动态平衡那就没必要再增加时间了。是否达到平衡最后可以用nve测试一下。如何能量没有漂移那么应该就达到平衡了。
我想问您一下那个nve是什么软件?怎么使用?可以给我简单说一下吗?
赞
一下
回复此楼
19楼
2011-07-01 21:54:46
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
奋斗1s
金虫
(正式写手)
应助: 1
(幼儿园)
金币: 1258.1
帖子: 415
在线: 106.7小时
虫号: 980571
引用回帖:
Originally posted by
ChemiAndy
at 2011-07-01 11:23:12:
不知道你说的“实用”是指什么,不过我知道国内出版的书都死气沉沉,就是简单的知识摘抄和堆积。因此我建议你在学习的早期从国外的经典教材入手。
搞计算模拟研究,有3个层次的东西需要分清,即Science上 ...
谢谢啦
回复此楼
24楼
2011-07-03 11:38:25
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
奋斗1s
金虫
(正式写手)
应助: 1
(幼儿园)
金币: 1258.1
帖子: 415
在线: 106.7小时
虫号: 980571
非常感谢各位的指点,从各位的回复中我学到了很多,也发现自己在模拟方面有很多很多地方都还不懂不懂,期望能够在各位虫友的帮助下逐步提高自己,再次感谢各位!
赞
一下
回复此楼
28楼
2011-07-05 17:19:20
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
相关版块跳转
第一性原理
量子化学
计算模拟
分子模拟
仿真模拟
程序语言
我要订阅楼主
奋斗1s
的主题更新
8
1/1
返回列表
如果回帖内容含有宣传信息,请如实选中。否则帐号将被全论坛禁言
普通表情
龙
兔
虎
猫
高级回复
(可上传附件)
百度网盘
|
360云盘
|
千易网盘
|
华为网盘
在新窗口页面中打开自己喜欢的网盘网站,将文件上传后,然后将下载链接复制到帖子内容中就可以了。
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭
确定