[交流] 分子模拟时间越长越好吗？

Originally posted by yahoohoo at 2011-06-30 17:08:06:
“对接结果发现后者不如前者”

如何判断结果的好与坏呢？难道模拟的结果是我们主观预期的就是好的，否则就不是好的？

比如说你从两个不同的初始构象出发，运行相同时间的MD，一个观测到对接，而另一个没 ...

Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-01 02:24:58:
平衡态模拟的时间长度取决于所感兴趣的性质的弛豫周期。获得感兴趣性质的的统计平均值，需要在不同的弛豫周期采样3-10次。比如，键的振动，振动一次10fs算一个周期，你需要采样至少50fs。分子扩散的数量级在ns，中 ...

Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-01 11:23:12:
不知道你说的“实用”是指什么，不过我知道国内出版的书都死气沉沉，就是简单的知识摘抄和堆积。因此我建议你在学习的早期从国外的经典教材入手。

搞计算模拟研究，有3个层次的东西需要分清，即Science上 ...

Originally posted by hyliao at 2011-07-01 14:00:59:
模拟的时间可以先大概试一下不同的时间，得到不同时间的情况。如果也达到动态平衡那就没必要再增加时间了。是否达到平衡最后可以用nve测试一下。如何能量没有漂移那么应该就达到平衡了。

Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-01 11:23:12:
不知道你说的“实用”是指什么，不过我知道国内出版的书都死气沉沉，就是简单的知识摘抄和堆积。因此我建议你在学习的早期从国外的经典教材入手。

搞计算模拟研究，有3个层次的东西需要分清，即Science上 ...