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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs 中g_msd问题
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ruthxu

金虫 (正式写手)

[求助] gromacs 中g_msd问题

gromacs 中用g_msd 计算扩散速率，为什么最后的曲线突然上升
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Betterlatethannever!
1楼 2012-02-22 13:26:38
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 2012-02-23 08:52:34
看看你的构型变化
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2楼2012-02-23 08:29:56
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zhongyunxia

新虫 (小有名气)
请教楼主，你的问题解决了吗？我现在也用g_msd计算扩散系数，我的是一个纯体系，命令是g_msd  -f md.trr -s md.tpr -o msd.xvg  但是我看manual说扩散系数跟起始拟合点有很大关系，请教你是如何处理的，谢谢！
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3楼2012-11-30 10:18:36
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhongyunxia at 2012-11-30 10:18:36
请教楼主，你的问题解决了吗？我现在也用g_msd计算扩散系数，我的是一个纯体系，命令是g_msd  -f md.trr -s md.tpr -o msd.xvg  但是我看manual说扩散系数跟起始拟合点有很大关系，请教你是如何处理的，谢谢！

我拟合的时候是选择的中间一段，从100000ps到150000ps。
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Betterlatethannever!
4楼2012-12-03 08:59:38
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zhongyunxia

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ruthxu at 2012-12-03 08:59:38
我拟合的时候是选择的中间一段，从100000ps到150000ps。...

嗯，谢谢了，终端出现的D就是计算的扩散系数吧？请教楼主你算的是什么体系，计算的扩散系数是多少，在哪个数量级？我查阅相关文献，自扩散系数和咱们算的扩散系数是一个东西吗？因为两者的数量级差的太多了，谢谢！
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5楼2012-12-03 09:56:20
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明月照清渠

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你模拟的是从100000ps到150000ps的，怎么时间轴会那么长呢~~
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6楼2012-12-07 10:18:32
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 明月照清渠 at 2012-12-07 10:18:32
你模拟的是从100000ps到150000ps的，怎么时间轴会那么长呢~~

模拟时间是是200000ps，但是计算扩算速率的时候只选取了100000到150000ps，做拟合。
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Betterlatethannever!
7楼2012-12-08 15:37:46
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明月照清渠

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by ruthxu at 2012-12-08 15:37:46
模拟时间是是200000ps，但是计算扩算速率的时候只选取了100000到150000ps，做拟合。...

木看懂~~~你直接就算从100000到150000ps就好了~
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8楼2012-12-08 22:48:39
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小瘦娃

木虫 (正式写手)
楼主知道是什么原因了吗？
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9楼2020-02-05 09:23:54
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