24小时热门版块排行榜    

查看: 1870  |  回复: 8

ruthxu

金虫 (正式写手)

[求助] gromacs 中g_msd问题

gromacs 中用g_msd 计算扩散速率,为什么最后的曲线突然上升
回复此楼
Betterlatethannever!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 2012-02-23 08:52:34
看看你的构型变化
2楼2012-02-23 08:29:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhongyunxia

新虫 (小有名气)

请教楼主,你的问题解决了吗?我现在也用g_msd计算扩散系数,我的是一个纯体系,命令是g_msd  -f md.trr -s md.tpr -o msd.xvg  但是我看manual说扩散系数跟起始拟合点有很大关系,请教你是如何处理的,谢谢!
3楼2012-11-30 10:18:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhongyunxia at 2012-11-30 10:18:36
请教楼主,你的问题解决了吗?我现在也用g_msd计算扩散系数,我的是一个纯体系,命令是g_msd  -f md.trr -s md.tpr -o msd.xvg  但是我看manual说扩散系数跟起始拟合点有很大关系,请教你是如何处理的,谢谢!

我拟合的时候是选择的中间一段,从100000ps到150000ps。
Betterlatethannever!
4楼2012-12-03 08:59:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhongyunxia

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ruthxu at 2012-12-03 08:59:38
我拟合的时候是选择的中间一段,从100000ps到150000ps。...

嗯,谢谢了,终端出现的D就是计算的扩散系数吧?请教楼主你算的是什么体系,计算的扩散系数是多少,在哪个数量级?我查阅相关文献,自扩散系数和咱们算的扩散系数是一个东西吗?因为两者的数量级差的太多了,谢谢!
5楼2012-12-03 09:56:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

明月照清渠

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你模拟的是从100000ps到150000ps的,怎么时间轴会那么长呢~~
6楼2012-12-07 10:18:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 明月照清渠 at 2012-12-07 10:18:32
你模拟的是从100000ps到150000ps的,怎么时间轴会那么长呢~~

模拟时间是是200000ps,但是计算扩算速率的时候只选取了100000到150000ps,做拟合。
Betterlatethannever!
7楼2012-12-08 15:37:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

明月照清渠

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by ruthxu at 2012-12-08 15:37:46
模拟时间是是200000ps,但是计算扩算速率的时候只选取了100000到150000ps,做拟合。...

木看懂~~~你直接就算从100000到150000ps就好了~
8楼2012-12-08 22:48:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小瘦娃

木虫 (正式写手)

楼主知道是什么原因了吗?
9楼2020-02-05 09:23:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ruthxu 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +3 oepdf5z972 2026-06-20 3/150 2026-06-21 21:01 by zo4669e5n4
[基金申请] E0414, 我的本子有没有希望? +7 布布和一二 2026-06-17 9/450 2026-06-21 19:29 by 布布和一二
[考研] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 3/150 2026-06-21 19:18 by q1p9ixelzp
[教师之家] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 3/150 2026-06-21 18:58 by q1p9ixelzp
[公派出国] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 3/150 2026-06-21 18:00 by q1p9ixelzp
[考研] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 4/200 2026-06-21 17:45 by q1p9ixelzp
[论文投稿] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 3/150 2026-06-21 17:40 by q1p9ixelzp
[公派出国] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 4/200 2026-06-21 17:25 by ky8v3skvft
[考博] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 5/250 2026-06-21 17:20 by ky8v3skvft
[博后之家] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 6/300 2026-06-21 17:05 by ky8v3skvft
[公派出国] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 5/250 2026-06-21 17:00 by ky8v3skvft
[教师之家] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +5 vlfdw50o0u 2026-06-20 7/350 2026-06-21 16:57 by ky8v3skvft
[论文投稿] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +3 vlfdw50o0u 2026-06-20 5/250 2026-06-21 16:45 by ky8v3skvft
[教师之家] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 7/350 2026-06-21 16:40 by ky8v3skvft
[论文投稿] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 9/450 2026-06-21 16:37 by ky8v3skvft
[基金申请] 青A35岁以下通知答辩了吗 +3 暨阳一只柴 2026-06-17 3/150 2026-06-21 09:39 by kudofaye
[考博] 【全奖博士/科研助理/博后招生】新加坡南洋理工大学机械与航空航天学院 +3 robohaha 2026-06-15 4/200 2026-06-21 00:36 by lanbing1
[基金申请] 希望面上有个好结果 +7 碧水00 2026-06-16 7/350 2026-06-18 12:18 by wuke100666
[论文投稿] 三区计算机方向期刊推荐 +5 1457340941 2026-06-15 5/250 2026-06-17 13:16 by 会议编辑
[论文投稿] sci论文二审求助 +5 潘倍倍 2026-06-15 5/250 2026-06-16 10:15 by xs74101122
信息提示
请填处理意见