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ruthxu

金虫 (正式写手)

[求助] gromacs 中g_msd问题

gromacs 中用g_msd 计算扩散速率,为什么最后的曲线突然上升
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 2012-02-23 08:52:34
看看你的构型变化
2楼2012-02-23 08:29:56
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zhongyunxia

新虫 (小有名气)

请教楼主,你的问题解决了吗?我现在也用g_msd计算扩散系数,我的是一个纯体系,命令是g_msd  -f md.trr -s md.tpr -o msd.xvg  但是我看manual说扩散系数跟起始拟合点有很大关系,请教你是如何处理的,谢谢!
3楼2012-11-30 10:18:36
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ruthxu

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhongyunxia at 2012-11-30 10:18:36
请教楼主,你的问题解决了吗?我现在也用g_msd计算扩散系数,我的是一个纯体系,命令是g_msd  -f md.trr -s md.tpr -o msd.xvg  但是我看manual说扩散系数跟起始拟合点有很大关系,请教你是如何处理的,谢谢!

我拟合的时候是选择的中间一段,从100000ps到150000ps。
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4楼2012-12-03 08:59:38
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zhongyunxia

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ruthxu at 2012-12-03 08:59:38
我拟合的时候是选择的中间一段,从100000ps到150000ps。...

嗯,谢谢了,终端出现的D就是计算的扩散系数吧?请教楼主你算的是什么体系,计算的扩散系数是多少,在哪个数量级?我查阅相关文献,自扩散系数和咱们算的扩散系数是一个东西吗?因为两者的数量级差的太多了,谢谢!
5楼2012-12-03 09:56:20
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明月照清渠

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你模拟的是从100000ps到150000ps的,怎么时间轴会那么长呢~~
6楼2012-12-07 10:18:32
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ruthxu

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 明月照清渠 at 2012-12-07 10:18:32
你模拟的是从100000ps到150000ps的,怎么时间轴会那么长呢~~

模拟时间是是200000ps,但是计算扩算速率的时候只选取了100000到150000ps,做拟合。
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7楼2012-12-08 15:37:46
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明月照清渠

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by ruthxu at 2012-12-08 15:37:46
模拟时间是是200000ps,但是计算扩算速率的时候只选取了100000到150000ps,做拟合。...

木看懂~~~你直接就算从100000到150000ps就好了~
8楼2012-12-08 22:48:39
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小瘦娃

木虫 (正式写手)

楼主知道是什么原因了吗?
9楼2020-02-05 09:23:54
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