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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 怎样看gromacs模拟后的小分子和蛋白质之间的相互作用的残基和氢键？
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] 怎样看gromacs模拟后的小分子和蛋白质之间的相互作用的残基和氢键？

请问大师：怎样看gromacs模拟后的小分子和蛋白质之间的相互作用的残基和氢键？谢谢大家！！
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坚持就是胜利
1楼2013-01-08 11:55:56
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果！ 2014-03-18 16:35:19
引用回帖:
12楼: Originally posted by 136zhangpong at 2014-03-17 11:33:34
我用DOT2作了两个相同小蛋白分子对接，用ACE截断值6，取了前200个构象，用Pymol看了，发现有一些明显的簇，现在我要分析各个明显优势结构中相互作用的残基，主要是由什么静态作用力（范德华力，氢键之类的）。这个应 ...

我最后提取平衡后的平均构象，用ligplot显示相互作用，你可以试一下
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坚持就是胜利
13楼2014-03-18 08:53:59
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普通回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
邓芳: 金币+5, ★有帮助 2013-01-08 15:20:01
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流，z版，直接输出的gro文件，用VMD也能看 2013-01-08 22:29:48
你把平均构象输出成pdb，然后用pymol看就好啦~~哈哈
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2楼2013-01-08 13:25:37
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hummerrr

新虫 (正式写手)
加油
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不惧死，何惧生
3楼2013-01-08 13:47:55
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2013-01-08 13:25:37
你把平均构象输出成pdb，然后用pymol看就好啦~~哈哈

这样的结果准确吗？用VMD能否实现？
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坚持就是胜利
4楼2013-01-08 14:46:55
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469187892

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
邓芳: 金币+5, ★有帮助 2013-01-08 15:20:09
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流，用命令： mol load gro XXXX.gro 也能载入轨迹 2013-01-08 22:31:03
我是用VMD，我是先打开gro文件，然后选择gro文件，点击右键选择load data into molecule，打开轨迹文件就可以了
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加油！
5楼2013-01-08 14:54:17
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
5楼: Originally posted by 469187892 at 2013-01-08 14:54:17
我是用VMD，我是先打开gro文件，然后选择gro文件，点击右键选择load data into molecule，打开轨迹文件就可以了

没有尝试对，再给点详细的步骤吧，谢谢，能否加你好友？我的QQ578204957
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坚持就是胜利
6楼2013-01-08 15:19:09
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xuxm03

金虫 (小有名气)
平均构象有什么意义。
不可取
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7楼2013-01-08 17:10:59
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
7楼: Originally posted by xuxm03 at 2013-01-08 17:10:59
平均构象有什么意义。
不可取

飞天哥，平均构象从物理学上来说是不存在的，这点我是认同的，但是在实际的MD轨迹分析中，是可以取这个平均构象作为分析的参照物的，比如你计算一段时间内残基的RMSF,他就是针对这段时间内的平均结构派生的均方根偏差波动值，所以我们并不能认为平均构象在分析中没有作用。其次，当你分析配体-受体结合达到稳定时的结合构象时，也是可以取平均构象进行分析的。需要说明的是，在做MD分析时选择或者派生平均构象，是为了分析方便，而不是其真实存在。个人看法，仅供讨论
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8楼2013-01-09 08:49:53
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
4楼: Originally posted by 邓芳 at 2013-01-08 14:46:55
这样的结果准确吗？用VMD能否实现？...

评分中的jiao版说的是对的，我是站在你方便分析你的蛋白质-小分子结合的角度说的上述回复，但是在实际分析中，肯定是需要先对MD轨迹进行分析的，但是GMX本身带有很多可以衡量轨迹过程中蛋白或者小分子变化的工具啊，比如你用g_hbond分析氢键,g_dist分析关键原子间的距离等等，都可以得到评价小分子-蛋白相互作用的一些信息的~祝好！
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9楼2013-01-09 08:53:39
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469187892

银虫 (小有名气)
我加你好友了哦
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加油！
10楼2013-01-09 09:20:49
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