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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 分子模拟时间越长越好吗？
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奋斗1s

金虫 (正式写手)

[交流] 分子模拟时间越长越好吗？

如题，在对蛋白质做分子动力学模拟的时候，我用Gromacs先进行了3ns的MD运算，然后又进行了2ns，对接结果发现后者不如前者，但通过蛋白质评价发现后者的各项指标要好一些，请各位高手讨论一下MD多长时间比较好呢？
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1楼2011-06-30 16:00:04
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hyliao

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
奋斗1s(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-07-01 19:48:44
奋斗1s(金币+5): 谢谢指点 2011-07-01 21:54:30
模拟的时间可以先大概试一下不同的时间，得到不同时间的情况。如果也达到动态平衡那就没必要再增加时间了。是否达到平衡最后可以用nve测试一下。如何能量没有漂移那么应该就达到平衡了。
赞一下(2人) 回复此楼
16楼2011-07-01 14:00:59
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hyliao

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
奋斗1s(金币+2): ok thanks a lot! 2011-07-02 08:44:03
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-07-02 09:57:31
引用回帖:
Originally posted by 奋斗1s at 2011-07-01 21:54:46:
我想问您一下那个nve是什么软件？怎么使用？可以给我简单说一下吗？

nve不是什么软件，而是微正则系综。它的意思保持粒子数，体积，能量不变。
如果结构没达到平衡态，能量就会漂移。很多分子模拟的软件都有，只需要根据不同软件的使用格式调用就行了。比如我用的是lammps。命令如fix 1 all nve.(1代表自定义的一个编号，all代表我定义的一个组，nve则为该命令的保留字）。
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21楼2011-07-02 07:27:28
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