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yuyan225

金虫 (小有名气)

[求助] 向RTPCR高手求助,关于RTPCR的空白对照问题

各位虫友大家好,我最近初做RTPCR,想请教一下高手是不是用于RTPCR的每对引物使用前都得进行模板为水的空白对照实验,以确定后期熔解曲线的峰是不是出现了特异性扩增,望高手解答,谢谢!!
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beautybanana

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
yuyan225(金币+3): 2011-06-18 16:59:44
西瓜(金币+3): 鼓励应助 2011-06-18 21:53:39
引用回帖:
Originally posted by yuyan225 at 2011-06-17 17:10:30:
各位虫友大家好,我最近初做RTPCR,想请教一下高手是不是用于RTPCR的每对引物使用前都得进行模板为水的空白对照实验,以确定后期熔解曲线的峰是不是出现了特异性扩增,望高手解答,谢谢!!

空白对照是看污染情况,溶解曲线是看扩增的特异性(染料法)
2楼2011-06-17 18:21:21
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yuyan225

金虫 (小有名气)

那如何确定在PCR的体系里就只有有引物二聚体,当cDNA里扩不出相应的片段是万一有了引物二聚体,而我的片段条带大小又与引物二聚体大小差不多,如果出现了引物二聚体熔解曲线也有峰,那么我做个水位模板的空白对照就可以看出引物二聚体的情况,我是这么想的,望高手继续指点~~
3楼2011-06-18 17:04:58
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
yuyan225(金币+7): 谢谢指教,收教了 2011-06-19 11:25:41
dhd997(金币+5): good 2011-06-25 13:34:58
看空白对照是一个办法,不过就算加利模板,在融解曲线里也是可以看出引物二聚体的峰的。就算大小差不多,引物二聚体的结合强度肯定不及PCR产物,Tm值要低些,跟产物相比,出现峰的位置肯定在温度更低的地方。而且一般峰也相对更低(荧光信号相对弱)。

如果有产物,那扩增曲线很早就会出现;如果是30个循环之后才出现扩增曲线,那可能就是引物二聚体了。

空白对照,应该每次PCR里面都加入,可以检查是否有污染及引物二聚体的情况。

楼主在3楼里担心的片段大小与引物二聚体差不多这种情况,应该很难出现吧。两条引物加起来也就50bp不到,而荧光定量PCR的产物一般在150bp到300bp。所以,也可以在PCR之后跑个琼脂糖凝胶电泳,一般能区分开PCR产物和引物二聚体。
4楼2011-06-18 22:13:58
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yuyan225

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 西瓜 at 2011-06-18 22:13:58:
看空白对照是一个办法,不过就算加利模板,在融解曲线里也是可以看出引物二聚体的峰的。就算大小差不多,引物二聚体的结合强度肯定不及PCR产物,Tm值要低些,跟产物相比,出现峰的位置肯定在温度更低的地方。而且 ...

还有一个问题在想您请教,空白对照要不要每对引物都加,或者每个板设一个空白对照就够了?
5楼2011-06-19 11:27:39
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

引用回帖:
Originally posted by yuyan225 at 2011-06-19 11:27:39:
还有一个问题在想您请教,空白对照要不要每对引物都加,或者每个板设一个空白对照就够了?

每对引物都要设空白对照。配mix时往往多配一管的量,可以防止分装时不够用(经常发生的情况),要求不严格时,剩下的mix加上水就可以作为空白对照了。
6楼2011-06-19 12:06:44
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yuyan225

金虫 (小有名气)

谢谢,受教了
7楼2011-06-20 08:43:15
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jiangyhai

金虫 (著名写手)

★ ★ ★
西瓜(金币+3): 学习了! 2011-06-24 16:20:02
引用回帖:
Originally posted by beautybanana at 2011-06-17 18:21:21:
空白对照是看污染情况,溶解曲线是看扩增的特异性(染料法)

是引物二聚体还是目的条带可以通过电泳来判断,电泳时间足够长时,引物二聚体会变模糊而目的条带不会。
静心做事。
8楼2011-06-24 15:11:43
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beautybanana

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
西瓜(金币+3): 费心了!不过有没有办法区分引物二聚体和错配扩增的峰呢?请教下。 2011-06-24 20:40:38
引用回帖:
Originally posted by jiangyhai at 2011-06-24 15:11:43:
是引物二聚体还是目的条带可以通过电泳来判断,电泳时间足够长时,引物二聚体会变模糊而目的条带不会。

引物二聚体可以直接根据溶解曲线峰所对应的温度做出判断。

9楼2011-06-24 17:57:58
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beautybanana

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+5, EPI+1): good 2011-06-25 13:35:22
引用回帖:
Originally posted by beautybanana at 2011-06-24 17:57:58:
引物二聚体可以直接根据溶解曲线峰所对应的温度做出判断。

染料法的RT-PCR,要把扩增曲线和溶解曲线结合起来来检验扩增的结果,主要是检查扩增的特异性,如果出现由于错配而产生的非特异性产物,最好是另外做下电泳检测更为保险,实际上是一条扩增曲线对应一个PCR产物,而且应该做几个重复样品,这时应该多根据扩增曲线去做判断。没有经验的话就做个电泳。
10楼2011-06-25 00:48:08
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