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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】请教一个3‘RACE的问题
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rachelmily

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】请教一个3‘RACE的问题

各位虫虫侠，求助个问题
   我在做3’RACE，测序得到一段序列，特异引物和通用引物均找到了，且有polyA结构（没找到加尾信号），且和我之前扩增的中间序列接上了，但是出现了一个问题：相比其他物种的同源基因短了大约200bp（但是找到终止密码子了，翻译成氨基酸，也是目的蛋白），这个基因在不同物种中同源性挺高的，所以现在很迷茫，这个测序结果可不可信呢？

   请各位不吝赐教哈！
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清露晨流，新桐初引，多少游春意。
1楼 2010-11-02 10:09:05
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lhwei1987

铁杆木虫 (正式写手)
★
rachelmily(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-11-02 12:31:55:
你的金币好少啊，应该多来交流的~

她金币这么少，你还过来分一个走了，呵呵
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3楼2010-11-02 15:19:43
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silicare

荣誉版主 (文坛精英)

合伙创业版兼职版主

优秀版主
★
rachelmily(金币+1):谢谢参与
你的金币好少啊，应该多来交流的~
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2楼2010-11-02 12:31:55
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lhwei1987

铁杆木虫 (正式写手)
短一些也是有可能对的，有可能是RNA剪切的方式不一样吧
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4楼2010-11-02 15:21:13
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hugang2004_2000

木虫 (正式写手)
★
rachelmily(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by rachelmily at 2010-11-02 10:09:05:
各位虫虫侠，求助个问题
   我在做3’RACE，测序得到一段序列，特异引物和通用引物均找到了，且有polyA结构（没找到加尾信号），且和我之前扩增的中间序列接上了，但是出现了一个问题：相比其他物种的同源基因 ...

blast X 的时候得到的翻译出来的蛋白是连续的吗？
新扩增出来的3‘端片段跟之前扩增的中间序列有多少重合的碱基？
跟其他物种该基因的差别是ORF 区域的吗？
从终止密码子到PolyA之间有多少碱基？

[ Last edited by hugang2004_2000 on 2010-11-2 at 15:23 ]
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5楼2010-11-02 15:21:51
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