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rachelmily

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】请教一个3‘RACE的问题

各位虫虫侠,求助个问题
   我在做3’RACE,测序得到一段序列,特异引物和通用引物均找到了,且有polyA结构(没找到加尾信号),且和我之前扩增的中间序列接上了,但是出现了一个问题:相比其他物种的同源基因短了大约200bp(但是找到终止密码子了,翻译成氨基酸,也是目的蛋白),这个基因在不同物种中同源性挺高的,所以现在很迷茫,这个测序结果可不可信呢?

   请各位不吝赐教哈!
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清露晨流,新桐初引,多少游春意。
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silicare

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★
rachelmily(金币+1):谢谢参与
你的金币好少啊,应该多来交流的~
2楼2010-11-02 12:31:55
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lhwei1987

铁杆木虫 (正式写手)

★
rachelmily(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-11-02 12:31:55:
你的金币好少啊,应该多来交流的~

她金币这么少,你还过来分一个走了,呵呵
3楼2010-11-02 15:19:43
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lhwei1987

铁杆木虫 (正式写手)

短一些也是有可能对的,有可能是RNA剪切的方式不一样吧
4楼2010-11-02 15:21:13
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hugang2004_2000

木虫 (正式写手)

★
rachelmily(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by rachelmily at 2010-11-02 10:09:05:
各位虫虫侠,求助个问题
   我在做3’RACE,测序得到一段序列,特异引物和通用引物均找到了,且有polyA结构(没找到加尾信号),且和我之前扩增的中间序列接上了,但是出现了一个问题:相比其他物种的同源基因 ...

blast X 的时候得到的翻译出来的蛋白是连续的吗?
新扩增出来的3‘端片段跟之前扩增的中间序列有多少重合的碱基?
跟其他物种该基因的差别是ORF 区域的吗?
从终止密码子到PolyA之间有多少碱基?

[ Last edited by hugang2004_2000 on 2010-11-2 at 15:23 ]
5楼2010-11-02 15:21:51
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