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pylau1988

新虫 (小有名气)

[求助] 基因克隆问题求助 已有2人参与

各位专家,本人最近克隆了一个植物转录因子基因(无基因组参考,未知序列),约1000多bp(用的Takara的高保真酶), 转T载,挑了8个克隆测序,发现有少部分碱基位点在8个克隆里均有所不同, 没有两条是完全一致的(见序列图),想请问怎样确定哪条序列是基因本身的还是PCR过程突变的,还有会不会是SNP(每个突变位点,只有两种碱基)?

基因克隆问题求助
DNA.jpg
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jinghonglxt

金虫 (著名写手)

2楼2017-11-23 18:35:13
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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

高保真酶基本不会突变的那么厉害,你这是基因组上扩的吧,可能就是不同染色体上的不同序列,你这个序列在基因组里的重复率很高。
采菊东篱下,悠然见南山。
3楼2017-11-24 08:17:42
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莫落

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

先将序列翻译成蛋白序列看看是不是简并的情况,如果蛋白序列一致大可放心。如果蛋白序列不一样,可能要换别的酶试试。
4楼2017-11-24 09:01:05
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zl_real

至尊木虫 (著名写手)

开心就好
5楼2017-11-30 11:42:14
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