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珉珉的小辫

金虫 (小有名气)

[求助] cDNA克隆问题求助!先谢过了!

各位大神们,最近克隆碰到了坎儿,能不能过的去心里很没底,恳请各位帮忙仔细分析下原因,谢过了!
首先,我需要克隆的是一个基因的cDNA全长,引物设计从ATG开始,到终止子前结束。一共用了两种克隆方法,gateway和topo克隆。两次方法所使用的cDNA模板来自两管样品。
然后,gateway克隆筛选到了4个阳性菌落,topo克隆得到的更多。我用M13引物和M13-Rv测序确定片段的确插入进去了。接着,我设计了分段引物,检查是否有突变。这时问题出现了,一共分段测序了3个质粒,2个来自gateway,1个来自topo。测序结果却显示3个质粒同时在同一地方测出了32个碱基的内含子。由于不是3的倍数,应该不是什么可变剪接。
看着辛辛苦苦做出的阳性克隆,我迷茫了,到底是什么原因呢?模板问题基本排除了,方法也用了两种。却得到这样的结果。

最后还有一个问题,我发现topo克隆出现反向插入的几率还蛮高的,问题是在提质粒前我已经M13和目的基因里的特异引物进行了PCR,为什么还会出现反向插入呢?

问题稍微多了些,麻烦各位大神一定要帮帮忙啊,不胜感激!
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珉珉的小辫

金虫 (小有名气)

大家都帮忙看下呗。
2楼2013-12-11 18:44:01
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