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安静的啊啊啊

新虫 (初入文坛)

[交流] PCR一直P不出产物,求各位大神一起帮我来找原因? 已有6人参与

1. 模板是pcDNA3FLAG3-clk,是从其他实验室借来的,没有测序过,但师姐曾成功表达出蛋白。提质粒后,跑胶检测模板是是纯的。
  2. 引物设计后找好几个师姐看过,没有问题
  3. 阳性对照有条带
  4. 模板浓度165ug/ml, 引物浓度25uM
  25ul体系:5 X HF          5
                     3' Primer        1
                     5' Primer        1
                     10 X dNTP    1
                     Template       0.5
                     DMSO           1
                     Fusion           0.5
                     ddH2O          14.5
  5. 目的基因1455bp, 延长时间1分30秒,循环30次[wmv][/wmv]
  6. 附件图片 从左至右分别是 PCR sample, PCR sample 2,  postive control,  marker,  template
    sample1 和 sample2 反应体系完全相同, 位于PCR 机子的位置不同
    postive control 片段大小正确
请求各位大神帮着找找原因啊,做不出来已经快要疯掉了

PCR一直P不出产物,求各位大神一起帮我来找原因?
user 2017-02-06 16hr 53min clk PCR.jpg
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yanlijuan

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
dna template 浓度太大了吧?

发自小木虫IOS客户端
2楼2017-02-08 15:51:44
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安静的啊啊啊

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yanlijuan at 2017-02-08 15:51:44
dna template 浓度太大了吧?

你都用多少的啊?
3楼2017-02-08 15:54:47
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yanlijuan

新虫 (正式写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-02-08 21:26:33
引用回帖:
3楼: Originally posted by 安静的啊啊啊 at 2017-02-08 15:54:47
你都用多少的啊?...

你去看你的用的酶的说明书,上面有一个dna模版做pcr适宜的浓度范围。从你的胶上看,dna浓度很大,而且有点降解了…你根据要求稀释一下dna,再试试!

发自小木虫IOS客户端
4楼2017-02-08 17:16:06
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sweetcoffei

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
阳性对照有明显的带,说明整个反应体系没有问题,从图中PCR结果可以看出较为明显的模板带,而没有目的带,可能原因为:1。模板浓度过高,可能因为杂质等导致PCR效率降低,因此没有目的带;2。延伸时间是否可以加长为3分钟,可能由于反应体系非最佳,1分钟时间不足以形成目的带。3。退火温度可否适当降低,因为各种原因,引物并没有与模板完成退火,因此没有目的带
5楼2017-02-09 09:08:33
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yang1200500819

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
首先25ul体系模板10 ng足够了,其次退火可以试试参考温度上下三度以内的其它温度,再不行换gc buffer试试,最后一个小小建议,引物用五分之一足够了

发自小木虫Android客户端
6楼2017-02-09 09:46:59
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1551099196

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
可以稀释模板1000倍试试看,以前刚做的时候舍不得稀释模板,跟这情况差不多

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7楼2017-02-09 09:56:52
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X小天T

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
模板浓度降低到10ug加1ul(建议),引物浓度我们用的是10的,还有DMSO不加也试试,延长时间提高到两分钟,说明书说的酶活力是每分钟一千那是正常情况下,一般保守点适当提高延长时间

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8楼2017-02-09 11:19:03
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X小天T

金虫 (正式写手)

还有,看看你的引物正反不要弄错了。实在不行就重新设计

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9楼2017-02-09 11:20:08
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6_pengfei

铁虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我分析一下:首先如果你的阳性对照和扩增样本用同一体系(包括模板浓度和引物),阳性对照扩出来,你的目标样本没有扩出来,说明体系没有问题(包括退火、延伸、模板量、延伸时间等)那唯一出问题的就在你的样本上,再看扩增条带一片糊,要么就是没有特异性,要么就是有其他物质影响扩增。不特异是不是你的样本不对(给你的不是你要的或他们改造过),如果这个问题排除,可能你抽提质粒的过程中有问题,重新抽提质粒,注意盐离子和乙醇挥发。我自己的一点判断,如果不对勿喷。
努力精修
10楼2017-02-10 11:37:05
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